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성종의 아들이며, 어머니는 윤기견의 딸 폐비 윤씨이다. 1494년 12월에 성종의 승하와 함께 왕위에 올랐으나 재위 12년 동안 너무도 무도한 짓을 많이 하여 폐위되었고, 교동에 안치되어 있다가 그해 11월에 죽었다. 즉위 초에는 아직 전왕 성종의 치평 기운이 남아 있고, 또 인재와 사림이 성한 가운데 어느 정도의 질서는 유지될 수 있었다. 그러나 즉위 4년째부터는 드디어 패악한 본성이 나타나기 시작하여 통치기간 중 5~6년 동안에 두 차례나 큰 옥사를 일으켜 많은 선비들을 희생시키는 참극을 벌였다. 연산군 4년(1498)의 무오사화와 연산군 10년(1504)의 갑자사화가 그것이다.

무오사화는 《성종실록》 편찬 때 그 사초 중 김종직의 ‘조의제문’이 발견됨으로써, 이에 관련되었던 사림학자들이 많이 참화를 당한 사건이다. 갑자사화도 그 직접적인 구실은 생모 윤씨의 폐비 사건이 발단이었다. 연산군 12년(1506) 9월 성희안·박원종·유순정 등의 주동으로 연산군 폐출운동이 일어나고 성종의 둘째 아들 진성대군이 옹립되니 이것이 곧 중종반정이었다.