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염증성장질환은 장에서 발생하는 대표적인 만성질환으로 대장에서 발생하는 궤양성대장염과 식도부터 항문까지 소화관 전체에서 발생하는 크론병이 대표적이다. 염증성장질환은 특정 균에 의한 감염이기보다는 장내세균총에 대한 면역반응으로 일어난다.

염증성장질환은 서양인의 전유물이라고 생각될 정도로 동양인에게는 드물었다. 그래서 서양인들이 염증성장질환에 유전적으로 취약하다고 여겨졌다. 그러나 유럽으로 이민 간 일본인이 오히려 유럽인보다 염증성장질환에 걸릴 확률이 높다는 것이 밝혀졌다. 동양의 식단이 염증성장질환의 발생을 방지했을 뿐 실제로는 동양인이 염증성장질환에 더 취약하다고 볼 수 있다. 우리나라에서도 최근 염증성장질환이 증가하고 있다. 염증성장질환 환자의 장내세균 구성 역시 건강한 사람들과 크게 달랐다. 크론병이나 궤양성대장염이 진행되는 환자의 장에는 유익균인 비피도박테리아와 락토바실러스가 상대적으로 적었다. 염증성장질환은 의학계에서 프로바이오틱스의 효과가 가장 잘 입증된 대표적 질환이다.

염증성장질환은 완치하기가 쉽지 않은 만성질환으로 증상이 심한 활동기와 증상이 가라앉는 관해기가 반복되는 특성이 있다. 청소년 궤양성대장염 환자들에게 프로바이오틱스를 항염제와 병용했을 때, 항염제만 사용했을 경우보다 관해기 유도 효과가 2.5배 이상 차이를 보였으며 재발 방지 효과는 3배 이상 차이가 났다.