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보어는 1921년 물리학과 교수로 코펜하겐 대학에 돌아와 정부와 칼스버그 맥주 회사의 도움으로 이론 물리 연구소를 설립했다. 이 연구소는 단기 방문이나 장기 고용을 통해 전 세계의 모든 이론 물리학자들을 불러 모았다. 독일이 덴마크를 점령했을 때 보어는 먼저 스웨덴으로, 그다음에는 영국, 미국으로 탈출했다.

이후 원자 폭탄을 개발하는 프로젝트의 고문 역할을 했지만 전쟁 후에는 소련을 포함한 모든 나라와 원자 폭탄과 관련된 기술을 공유하도록 영국의 총리 윈스턴 처칠(Winston Churchill, 1874~1965)과 해리 트루먼 미국 대통령을 설득하려 노력했다. 하지만 모두 보어의 제안을 거절했다. 그 뒤 소련이 원자 폭탄을 개발하자 보어의 생각은 UN 국제 원자력 기구(United Nations’ International Atomic Energy Agency)를 설립하는 데 도움을 주었다. 1962년 사망할 때까지도 보어는 핵전쟁의 위협을 줄이려 노력했다. 보어가 태어난 지 100년이 되는 해에 덴마크는 보어와 그의 아내인 마가레테(Margarethe)를 기념하는 우표를 발행하기도 했다.