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전쟁이 끝나고 포츠담 협정에서 나치 잔존 세력들을 처벌하기로 했지만 구체적인 내용은 언급하지 않았다. 1945년 8월 8일 연합국은 전쟁 종범들을 처벌하기 위해서 조약을 체결했다.

군사재판의 재판관들은 미국·영국·프랑스·소련에서 파견한 법무관으로 구성되었으며, 재판 대상자들은 세계 평화를 파괴한 전범들과 전쟁 동안 민간인을 학살한 사람이었다. 피고인 외에도 나치 정부 때 중추적인 역할을 했거나 나치 정부를 지원했던 단체, 기관들도 재판의 대상이었다. 24명의 전범자들에 대한 공판은 1945년 10월에 베를린에서 열렸는데, 이들 대부분은 나치 당의 주요 간부와 정치가들, 군대 지휘관이었다. 같은 해 11월 재판 장소를 뉘른베르크로 옮겼다.

재판 결과 총 24명의 피고인 중 12명에게 사형이, 3명에게 종신형이, 그 외 각각 10년형, 20년형의 판결이 내려졌다. 1명은 재판 전 자살했다. 정부기관이나 협력 단체에 대해서는 관계된 사람들에게 도덕적 책임을 물어 공직에서 추방했다.

뉘른베르크 재판에 이어 각 점령 지역마다 따로 군사재판이 열렸다. 1946년부터 1949년까지 미군 점령 지역의 군사재판에는 나치 친위대의 의사와 외무부의 외교관, 나치 정권에 협력했던 기업들이 회부되었다. 이 재판에서 36명에게 사형이 선고되었고, 나머지는 자유형에 처해졌다. 영국과 프랑스 점령 지역에서도 이와 같은 방법으로 군사재판이 이루어졌다. 서방연합군 점령 지역의 재판에서 총 794명이 사형을 선고받았으나, 이 중에서 486명만 사형이 집행되었다. 군사재판에 회부되었던 기업은 이게 염료(IG-Farben), 플릭(Flick), 크룹(Krupp) 등이었다.

포츠담 협정에서 합의되었던 나치 청산 작업은 연합국 점령 지역별로 각각 다르게 진행되었다. 미국은 독일의 사회 제도를 변화시키지 않고 나치 세력들을 개인적으로 도의적 책임을 물어 근절시키고자 했다. 그래서 반인류적인 행동을 했던 사람은 재판을 통해 사형을 집행하거나 자유형에 처했다. 미국은 점령 후 나치 잔존 세력들을 정부 관공서를 비롯해 모든 공적인 업무에서 떠나도록 조치를 취했고 일부는 사회로부터 격리시켰다.