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종교개혁은 그리스도교에서 사상 유례없는 큰 재난이었을 뿐만 아니라, 그 중요성에 있어 비길 만한 것이 없을 만큼 근세의 발전에 결정적 영향을 미쳤다. 종교개혁으로 일치가 파괴되고 신앙의 공동기반이 근본적으로 동요되었을 뿐만 아니라, 종교적 사고가 종파적 사고로 분열되었다.

여러 세기가 지나면서 유럽 각 국가의 교회들은 독특한 특성을 갖게 되었다.

종교개혁 시기 동안 하나의 가톨릭 교회를 대체하여 다채로운 국가교회들이 출현하려는 움직임이 엄연한 현실이 되어버렸다. 전에는 어떤 이단이나 이교도 유럽 그리스도교를 돌이킬 수 없이 항구적으로 분할시키지 못했지만, 이 기간 중에는 그리스도교의 정통 교의에 충성을 표명하고 분열을 증오한다고 고백하는 운동에 의해 교회분열이 행해졌다. 종교개혁이 끝나기 전에 로마 가톨릭 교회는 이미 지난 여러 세기, 심지어는 중세 후반기의 가톨릭 교회와도 다른 교회가 되어 있었다.