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불교

조선은 배불정책에 따라 교단을 선교양종으로 통합했으며, 상당수의 사찰을 혁파하고 토지와 노비를 국가에 환수했다.

이로써 많은 사찰들이 사라졌다. 또 국가가 주최하던 불교행사와 승직(僧職)을 폐지하고 도첩제를 실시하여 민간인의 출가를 제한했으며, 사대부들이 불교식으로 장례나 제사를 지내는 것을 금지했다. 그러나 왕이나 왕실에서는 불교를 신봉하는 경우가 간간이 있었으며, 양반층 부녀자들이 불교를 믿는 경우가 많았다. 또 유학자들도 개별적으로 승려들과 친분을 맺는 사례가 적지 않았다.

조선 중기 이후에는 도첩제 실시에도 불구하고 많은 농민이 국역부담을 피해 승려가 되었는데, 이것은 임진왜란 때 승병들이 활약할 수 있는 밑거름이 되었다. 이후 남한산성 축조 등 승군들이 국방에 끼친 영향은 매우 컸다. 교세도 서산대사의 계열이 우세해져 조계종(曹溪宗)이 지배적이었다. 사찰의 경제력과 문화활동도 고려시대에 비해 크게 위축되었으나, 지방특산물의 공납과 건축업·제지업·인쇄업 등에서는 여전히 중요한 역할을 담당했다.

도교

조선시대에는 도교 역시 많이 위축되었는데, 태종 때에는 각종 도참서들이 소실되었으며 도교식 국가제사들이 축소되었다.

16세기에는 마침내 사림의 맹렬한 반대로 소격서마저 혁파되기에 이르렀다. 그러나 도교는 다른 종교나 민간신앙과 결합하여 존속되었으며, 임진왜란 이후에는 성리학에 대한 반발로 일부 지식인층에서 도교적인 사고방식이 나타나기도 했다. 또 일부 도인들은 단군과 김시습을 내세우며 독자적인 계보를 형성했고, 민간에서는 〈정감록〉·〈토정비결〉 등이 크게 유행했다.

무속·민간신앙

조선은 기우제·성황·산천제사 같은 전통적인 제사의 일부를 국가의 사전(祀典) 체제에 흡수하여 유지했으며, 단군신앙도 국가에서 수용하여 삼성사(三聖祠)·기자묘 등을 주관하게 했다.

그러나 이외의 민간의식은 음사(淫祀)로 규정하여 유교의례로 대체했다. 중기 이후에는 서원건립과 관련하여 향촌의 각종 사당의 배향인물도 선현이나 지역출신 명사들로 대체되었다. 초기에는 국가에서 국무당(國巫堂)을 두기도 했으나, 뒤에는 무속을 배척하여 무당을 도성에서 추방하는 정책을 펴나갔다. 그러나 민간에서는 질병치료와 관련하여 무속이 꾸준히 유지되었으며, 최영·임경업 등 실존인물들이 신격화되기도 했다.

천주교

17세기 이후 청나라를 통해 천주교가 전래되었는데, 상인 등을 통해 민간에도 조금씩 유포되었다.

18세기에는 남인 학자들을 중심으로 양반 지식인 사회에도 전파되었다. 이후 교세를 확장하여 선교사와 교회조직 없이도 자생적으로 성장하는 특이한 발전을 보였다. 그러나 유교적 제사의 부정과 평등의식은 마찰을 일으켜 마침내 정부는 천주교를 사교(邪敎)로 규정하고 탄압했으나 교세는 계속 확장되어 1821년에는 조선교구가 설립되기에 이르렀다.

동학

1860년 최제우는 경주에서 유·불·선의 교리와 민간신앙을 결합하여 동학을 창시했다.

동학이란 서학에 대항하여 지어진 이름이다. 동학은 정부의 탄압에도 불구하고 폭정과 사회혼란, 개항 이후 외세의 침입 속에서 고통받던 민중들 사이에 급속도로 유포되었다. 마침내 동학은 교조신원운동과 합법화 시위를 전개하기에 이르렀는데, 전봉준 등은 동학의 조직으로 농민의 힘을 결집하여 사회운동으로 발전시켰으며 1894년에는 동학농민혁명을 일으켰다. 이후 동학은 손병희에 의해 교리가 정비되고 천도교로 개칭하여 계속되었다.