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캐나다의 야생동물 서식처는 기후 및 식생과 밀접한 관계가 있다. 북극지방에는 물개가 많이 살며 물개와 물고기를 먹이로 하는 북극곰도 많이 산다. 툰드라의 이끼나 관목류를 주식으로 하는 사향소·순록·나그네쥐도 많이 서식하며 이들을 잡아먹고 사는 북극늑대와 흰여우도 많다. 여름에는 많은 철새들이 북극지방에 와서 알을 낳고 새끼를 기른다.

북극권 남쪽의 툰드라에서 침엽수림대로 이어지는 지역에는 순록이 많다. 더 남쪽으로 내려가면 침엽수림대가 전개되는데 이곳에는 사슴·비버·캐나다스라소니·아메리카곰·캐나다어치류와 같은 캐나다 특유의 포유류와 조류가 많이 산다. 그 남쪽 지역에는 사람들이 많이 사는데, 숲과 경작지의 경계지대에 흰꼬리사슴이 많이 산다. 이밖에도 동부회색다람쥐·붉은다람쥐·밍크·스컹크 등의 포유동물과 홍관조류·볼티모어찌르레기흉내쟁이·흉내쟁이지빠귀류 등의 조류가 서식하고 있다.

서부 프레리 지대에는 뾰족꼬리들꿩·잭토끼·흙파는쥐류와 같은 독특한 동물들이 서식한다. 유럽인이 들어온 초기에는 마구잡이로 개척하고 사냥해 여행비둘기나 야생칠면조와 같은 동물들이 멸종되었고 물소류와 영양붙이 등도 멸종 위기에 처했다. 한편 서부산악지대의 남쪽에는 큰뿔양·로키산산양·순록 등이 서식한다.