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종자식물은 겉씨식물과 속씨식물로 이루어지는데, 포자식물에서처럼 포자체가 생활사를 독점하고 배우체는 현미경적인 크기로 포자체 속에 기생한다.

겉씨식물의 씨는 대포자엽 위에 드러난 채로 달리는 반면, 속씨식물의 씨는 대포자엽이 말린 심피(心皮)라는 구조 속에 둘러싸여 있다.

속씨식물과 겉씨식물의 생식과정의 공통점은 다음과 같다. 첫째, 성숙시 씨를 생산하며 일명 밑씨라고 하는 대포자낭은 1~2층의 주피(珠皮)로 싸여 있다. 둘째, 주피를 통과하는 주공(珠孔)이라는 작은 입구가 있다.

셋째, 밑씨가 씨로 성숙하며, 하나의 대포자세포가 감수분열하여 4개의 대포자를 생산하고 그중 1개만이 살아 남아 기능한다. 넷째, 대포자가 대포자낭과 밑씨에서 방출되지 않으며 대포자낭과 밑씨에서 암배우체가 1개 생산된다. 다섯째, 소포자는 소포자낭 안에서 수배우체로 발달하며, 수배우체가 성숙하면서 꽃가루관을 내고 이를 통해 정자를 난세포로 운반한다. 여섯째, 정자와 난세포의 결합 및 접합자로부터 포자체로의 발생은 암배우체 안에서 이루어지며 배(胚)가 발생하면서 밑씨는 씨로 성숙한다.

이와 같은 유사점에도 불구하고 씨의 위치를 비롯하여 다른 중요한 차이점에 의해 속씨식물과 겉씨식물로 구별된다. 대부분의 속씨식물은 겉씨식물보다 그 생활사가 짧고, 배우체는 작고 간단하며, 겉씨식물이 갖고 있는 장란기는 없다. 겉씨식물의 꽃가루는 밑씨의 구멍에 직접 도달하나 속씨식물의 꽃가루는 대포자엽 표면을 통해 전달된다.

속씨식물에서 2개의 정자가 수정에 참여하여 난세포와 수정한 2배체 접합자는 배가 되고, 암배우체의 2개의 극핵과 수정한 3배체 핵은 영양저장조직인 배젖이 된다. 겉씨식물에서는 암배우체가 영양조직이 된다. 또한 속씨식물의 밑씨는 수정후 성숙하나, 겉씨식물의 밑씨는 수정 이전에 커지기 시작한다.

겉씨식물에서 소철류는 암수딴그루로 소포자낭과 대포자낭이 다른 포자체에 달린다.

대포자낭 또는 밑씨는 대포자수(대포자이삭)의 대포자엽 위에, 소포자는 소포자수(소포자이삭)의 소포자낭에서 형성된다. 소포자는 3세포 상태에서 바람에 날려 밑씨의 주공에 도달한다. 꽃가루받이부터 수정이 일어나기까지 수개월이 걸린다. 정자는 많은 수의 편모를 가지며 1개의 꽃가루관 안에 2~22개가 만들어진다. 여러 개의 장란기에서 생성된 난세포들이 수정하여 여러 개의 배를 만들지만, 단 1개만이 성숙하게 된다.

은행나무도 암수딴그루이지만 꽃가루는 꽃가루받이 시 4세포이고 그후 3~4개월이 지나 수정이 일어난다. 소나무류는 암수한그루로 소포자수는 이른 봄, 대포자수는 가을에 성숙한다. 밑씨는 대포자수의 포자엽 인편 표면에 쌍으로 달리고, 소포자낭은 소포자엽 이면에 쌍으로 달린다. 꽃가루는 4세포 시기에 날리고 2개의 기낭(공기주머니)을 갖는다. 주공에 도달한 꽃가루는 14개월 후 꽃가루관을 내어 정핵을 장란기로 방출하여 수정시킨다.

수정란은 소철류와 은행나무에서처럼 여러 개의 배를 만드나, 1개만 성숙하게 된다. 이와 같은 생식과정에 2년이 소요된다.

속씨식물은 대부분 꽃을 갖고 있지만, 그것이 속씨식물의 근본적인 특징은 아니다. 속씨식물이 겉씨식물과 구별되는 뚜렷한 특징은 밑씨가 심피에 싸여 있는 것이다.

꽃은 줄기의 끝에 1개 또는 여러 개가 모여 여러 가지 형태의 꽃차례[花序]를 이룬다.

꽃차례에 여러 가지 종류가 있으나 간단히 예를 들면 단정(單頂)·총상(總狀)·원추(圓錐)·밀추(密錐)·산방(履房)·수상(穗狀)·미상(尾狀), 육수(肉穗)·산형(傘形)·기산(岐繖)·취산(聚繖)·두상(頭狀)·은두(隱頭)·배상(杯狀) 꽃차례 등이 있다. 이들 꽃차례는 분류군에 따라 중요한 인식형질이 되는데, 예를 들면 국화과(Asteraceae)는 두상꽃차례, 산형과(Apiaceae)는 산형꽃차례, 대극과(Euphorbiaceae)는 배상꽃차례이다.

완전한 형태의 꽃은 꽃잎[花瓣]·꽃받침잎·수술·암술로 구성되며 이들은 꽃받기[花托] 위에 달리고 만약 이들 부분 중 어느 하나라도 없는 경우 불완전화라고 한다.

꽃잎과 꽃받침은 암술과 수술을 보호하며 꽃가루받이 매개체를 유인하는 역할을 한다. 이를 위해 서로 붙기도 하고, 크기가 달라지기도 하며, 여러 가지 모양과 색을 띤다.

수술은 실 모양의 가는 수술대[花絲]와 그 끝에 달려 있는 꽃밥[葯]으로 구성된다. 수술은 수가 많고 나선상으로 배열하는 것에서부터 수가 적어지고 고리 모양으로 배열되는 것까지 다양하게 나타난다.

대개 꽃받기에 바로 붙어 있으나 꽃잎 위에 나는 경우도 있고, 수술대끼리 융합하는 경우, 꽃밥끼리 융합하는 경우, 수술의 크기가 몇 개는 길고 나머지는 짧은 경우도 있다.

암술은 밑씨를 포함하는 씨방[子房], 꽃가루를 수용하는 암술머리, 이 둘의 연결부위인 암술대로 구성된다.

암술은 심피(心皮)로 이루어져 있으며, 종(種)에 따라 꽃받기 위에 1개의 심피로 이루어진 단자예(單雌蕊)와 2개 이상의 심피로 이루어진 복자예(複雌蕊)가 있고, 이들이 서로 융합되어 있는지의 여부에 따라 떨어진 경우 이생심피(離生心皮), 융합되어 있으면 합성심피(合成心皮)로 나뉜다. 씨방 안에서 밑씨의 부착하는 태좌(胎座)의 종류에는 변연(邊緣)·중축(中軸)·측막(側膜)·독립중앙(獨立中央)·기저(基底) 등이 있다.

속씨식물에서 대부분의 꽃은 양성화이지만 암술 또는 수술만 있는 단성화도 있고, 단성화의 경우에도 단성화가 한 개체에 있는 암수한그루 형태, 다른 개체에 있는 암수딴그루 형태일 수 있다.

속씨식물의 소포자는 소포낭 안에서 소포자모세포의 감수분열로 생성되고, 소포자는 체세포분열을 하여 생식세포와 영양세포를 만든다. 영양세포는 꽃가루관이 나오면 꽃가루관 핵이 되고 생식세포는 분열하여 2개의 운동성이 없는 정자로 된다.

대포자는 밑씨, 즉 대포자낭의 주심(珠心)에 있는 1개의 대포자모세포가 감수분열을 하여 4개로 되지만 3개는 퇴화되고 단 1개만이 커져 세포분열을 통하여 8개의 핵(1개 난세포, 2개조세포, 2개 극핵, 3개 반족세포)을 갖는 배낭(胚囊)을 만든다. 따라서 배낭은 암배우체이며, 수배우체에서 만들어진 2개의 정자가 각각 1개의 난세포, 2개의 극핵과 수정하게 되는 이른바 중복수정(重複受精)이 일어나게 되고 그결과 각각 배와 배젖이 만들어진다.

꽃가루받이와 수정의 간격은 다양하여 참나무의 경우 12~14개월이 소요되나 민들레의 경우 15~45분밖에 소용되지 않는다. 한편 주피는 씨의 껍질[種皮]이 되어 배와 배유를 감싸고 씨방의 벽은 열매의 껍질[果皮]이 된다. 배는 성장기간 동안 배유의 영양을 소비하며 성숙하게 된다. 배는 줄기가 될 상배축(上胚軸)과 하배축(下胚軸), 뿌리를 낼 어린뿌리[幼根], 그리고 배유로 영양분을 흡수하거나 혹 영양분을 함유하는 떡잎[子葉]이 있다.

대부분의 배는 외떡잎식물에서 1개의 떡잎을 가지며 쌍떡잎식물에서는 2개를 가지거나 3~4개의 떡잎을 갖는다.