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규모가 작은 방송국의 경우에는 조직의 운영이 비교적 쉬우나, 큰 방송국은 방송의 공익성으로 말미암아 재정수입으로만 성공 여부를 결정할 수가 없기 때문에 그 운영이 매우 복잡하다. 독점방송국의 경우에는 이론적으로 유일한 목적이 공공에 대한 서비스이지만 실제로는 정부의 견해를 고려하지 않을 수 없다.

비영리 공익방송의 경우 비록 시청료를 받아 경영하지만 상업방송과 경쟁하는 경우에는 시청률을 완전히 무시할 수 없다.

방송국의 경영조직은 크게 2가지 역할을 한다. 예산을 할당하고 스케줄을 세우는 기획업무와 프로그램의 준비 및 제작이 있는데 후자의 경우 논쟁의 여지가 있는 민감한 현안문제를 취급하는 프로그램 제작에는 문제가 발생할 수 있다. 전체주의 국가에서는 정부의 입장만을 대변하므로 큰 문제가 안 될 수도 있으나 방송 종사자들이 독립되어 있고 전체적으로 공정성을 유지해야 하는 민주주의 국가에서는 매우 심각한 문제가 될 수 있다.

아직 편집권이나 제작권을 침해하지 않으면서 이런 문제를 완전히 해결할 수 있는 방법이 확립되어 있지 않다. 이밖에도 경영조직은 월급지불, 인사, 복지정책, 재정, 회계, 노사협상, 방송기자재 관리, 사무실이나 스튜디오의 배치 등 원활한 방송활동을 위한 일상업무를 처리하고 있다.