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부속지

척추동물에서 꼬리는 신체의 등부분이 배쪽보다 더 많이 자라나 생기며 쌍으로 있는 부속지(꼬리와 사지)인 사지는 중배엽 측면의 위쪽 끝부분 첫번째 원기로부터 생겨난다.

배설기관

척추동물의 신장은 신절이라고 부르는 체절줄기로부터 발달한다.

척추동물의 신장은 전신·중신·후신으로 구분된다. 전신은 배 발생 초기에 발달하는데 이는 어류와 양서류의 배에서 신장의 기능을 한다. 이들의 수집관은 총배설강이라고 불리는 장의 끝부분으로 열린다. 어류·양서류의 성체와 파충류·조류·포유류의 배에서는 전신 대신 중신이 발달하여 신장기능을 한다. 후신은 파충류·조류·포유류에만 있다.

순환기관

척추동물에서 심장 시원세포군은 중배엽층의 배쪽 끝에서 발생하여 바로 인두 부분에 붙는다. 척추동물에서 주된 혈관은 특정위치에서 발달하는데, 내배엽과 중배엽 측면 사이, 신장 특히 전신과 중신 주위, 심장과의 연결 부위에서 발달한다.

심장에서 쌍으로 뻗어나오는 복대동맥(ventral aorta)은 인두열 사이에서 발달한다. 배 발생 초기에, 심장에서 뻗어나온 부분은 난황정맥으로, 일부분은 간의 뒤쪽에서 간문맥을 형성하고 혈액을 장에서 간으로 이동시킨다. 척추동물 배시기의 첫번째 혈액세포는 난황낭의 내배엽성 장과 연결된다.

혈액세포는 처음에는 혈도(blood island)에서 만들어지다가 배 발생 후기에는 간에서, 나중에는 골수에서 만들어진다. 혈관과 유사한 림프계는 림프관을 형성하는 결합조직이 특정지역에 모여서 이루어진다.

생식기관

고등 척추동물에서 원시생식세포는 난황낭의 배외내배엽에서 유래하며 이 세포들이 중배엽으로 이동하여 생식융기에 자리잡는다. 기능적으로 분화된 생식소는 원시생식세포로부터 유래한 정원세포·난원세포와 중배엽기원의 체세포로 이루어진다.