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아프리카 대륙고원은 남쪽과 동쪽에서 북쪽과 서쪽 방향으로 완만한 경사를 이루고 있는데, 나이지리아는 바로 그 거대한 대륙고원의 아랫부분에 자리잡고 있다. 나이지리아의 지형은 해발 600∼1,200m의 높은 고원지대와 그 사이에 있는 낮은 지대들이 침식된 지표 형태로 나타나며, 그 대부분이 주요 강 유역에 자리잡고 있다. 기니 만을 따라 발달된 해안지대는 완만한 기복을 이루는 평원으로 되어 있다.

서부 및 중북부 지역에는 높은 평원들과 그 사이에 발달된 얕은 계곡들이 넓게 나타나는데, 이들 곳곳에는 둥근 지붕 모양의 수많은 구릉과 길다란 산등성이들이 산재해 있다. 그밖에 특히 눈에 띄는 기복 지형으로는 중부의 조스 고원과 동북부의 비우 고원을 꼽을 수 있으며, 두 고원은 모두 수많은 사화산이 점점이 흩어져 있는 광대한 용암지표로 되어 있다. 전국토의 3/5을 이루는 나이저·베누에 강 유역은 나이지리아 수자원의 절대적인 몫을 차지한다. 차드 호 저지의 약 1/10이 나이지리아에 있다. 주요 강은 나이저 강과 나이저 강의 가장 큰 지류인 베누에 강이며, 그밖에 소코토 강, 카두나 강, 공골라 강이 있다. 토양은 고원지대의 결정편암(結晶片巖)과 퇴적암에서 생겨난 침투성이 좋은 홍토(紅土)에서 해안 일대의 모래·습지성 토양에 이르기까지 다양하다. 대부분의 토양이 다공질이어서 비옥도가 낮은 것이 흠인데, 특히 강우량이 무척 많은 남부지역의 토양은 그 정도가 더욱 심하다.

남부 해안 일대의 기온은 32℃를 넘는 일이 드물지만 습도가 매우 높고, 장마철이 거의 1년 내내 계속된다. 내륙지방은 4∼10월이 우기이고 11∼3월이 건기인데, 여름 기온은 38℃를 넘을 때가 많다. 북부지방의 건기는 거의 8개월간 계속되는데, 이때 하마탄(harmatan：열풍)이라는 뜨겁고 먼지가 많은 사하라 사막의 바람이 계속 분다.

평균강우량은 지역에 따라 격차가 심해 해안 일대에서는 1,800∼3,000㎜ 이상이며, 북쪽 국경지대는 약 500㎜이다.

나이지리아의 자연식생 분포는 남에서 북으로 올라가면서 습지대, 열대우림지대, 그리고 나무가 곳곳에 산재한 사바나 지대로 구분된다. 나이지리아에는 침팬지, 고릴라, 아프리카 야생개, 표범, 코끼리, 기린, 사자, 악어, 뱀 등 다양한 야생동물이 살고 있다. 국토의 약 1/3이 경작 가능한 땅이며, 2/5는 목초지로 이용 가능하다.

나이지리아의 석유매장량은 20세기 말 현재 아프리카 총매장량의 거의 1/3에 해당된다. 천연가스 매장량은 아프리카 대륙에 묻힌 천연가스의 거의 1/3에 달하는 것으로 추정되며 철광석도 풍부하게 매장되어 있다.