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불이 조화로운 우주의 기본적인 물질적 원리라고 주장한 우주론으로 유명하다. 생애에 대해서는 알려진 것이 거의 없으며, 그가 썼다고 하는 단 1권의 책도 유실된 상태이다. 그의 견해는 후대 작가들이 인용한 짤막한 단편들 속에 남아 있다.

헤라클레이토스는 주로 자신을 둘러싼 세계를 설명하는 데 관심이 있었지만, 사람들이 사회적 조화를 이루며 함께 살아갈 필요가 있다는 점도 강조했다.

그는 대부분의 사람들이 만물을 서로 연관짓고 모든 자연현상을 발생시키는 보편적 원리인 로고스를 파악하지 못한 채 세계에 대한 잘못된 생각을 가지고 몽상가처럼 살고 있다고 불평했다. 그의 주장에 따르면 로고스는 서로 반대되는 것 사이의 근본적인 관계에서 잘 드러난다. 예를 들어 건강과 질병은 서로를 제약한다. 선과 악, 뜨거움과 차가움, 그밖의 서로 반대되는 것들도 마찬가지의 관계를 맺고 있다. 뿐만 아니라 그는 단일한 실체가 여러 가지 방식으로 지각될 수도 있다고 말했다. 즉 바닷물은 사람에게는 해롭지만 물고기에게는 이롭다. 서로 반대되는 것의 관계를 이해함으로써 헤라클레이토스는 세계의 혼란스럽고 다양한 성격을 극복할 수 있었다. 그리하여 세계란 한 방향의 변화와 그와 대응하는 다른 방향의 변화가 궁극적으로 균형을 이루는 정합적인 체계로 존재한다고 주장했다. 만물들 사이에는 숨겨진 연관이 있어서 겉보기에는 "떨어져 있으려는 것"도 실제로는 "함께 있게 된다"는 것이다.

헤라클레이토스는 불을 만물을 통일하는 근본물질로 보고, 세계질서는 "일정한 정도로 타오르고 일정한 정도로 꺼지는 영원히 사는 불"이라고 썼다. 그는 불의 현상 형태를 확장하여 연료·불꽃·연기뿐 아니라 대기의 에테르까지 포함했다. 이 공기 또는 순수한 불의 일부가 바다 또는 비로 변하고, 바다의 일부가 땅으로 변한다.

이와 동시에 모든 곳에서 똑같은 양의 땅과 바다가 각자 바다와 불의 모습으로 되돌아가고 있다. 그 결과 동적인 평형이 이루어지며, 이것이 세계의 질서 있는 균형을 유지한다. 변화 속에서도 이렇게 통일이 유지되는 것을 헤라클레이토스는 인생과 강의 유명한 비유로 보여주었다. "사람들은 같은 강에 발을 담그지만 흐르는 물은 늘 다르다." 뒷날 플라톤은 우리의 감각에 어떻게 나타나든 상관없이 만물은 끊임없이 변화한다는 것을 나타내기 위해 이 원리를 채택했다. 헤라클레이토스는 당대에는 인기가 없었으며 후세의 전기 작가들한테도 자주 경멸을 받았다. 그가 남긴 가장 중요한 공적은 경험세계의 형식적 통일성을 인식한 점이다.