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쿡 제도는 통가·사모아에서 폴리네시아인들이 처음 이주해온 뒤 그들 중 일부가 뉴질랜드를 식민지로 만들었다는 것을 전통과 언어 양식을 통해 알 수 있다. 라로통가의 아라 메투아 도로를 비롯한 여러 유적들을 통해 1100년경에 고도로 조직화된 사회가 있었다는 것을 알 수 있다. 대부분의 섬들은 독립적이었지만, 마우케와 미티아로는 아티우의 '아리카'에 의해 지배되었다. 1595년 스페인의 항해가 알바로 데 멘다냐 데 네이라가 푸카푸카를 최초로 발견했다.

그 뒤로 스페인인·러시아인·프랑스인 등이 이 제도의 몇몇 섬을 발견했다. 제임스 쿡 선장은 1773, 1774, 1777년 3차례의 항해에서 이 제도의 많은 섬들을 탐험했는데, 이 섬들은 그의 이름을 따서 쿡 제도라고 명명되었다. 영국 군함 '바운티호'의 윌리엄 블라이 대령이 라로통가와 아이투타키를 발견했다. 1821년 런던 선교회의 존 윌리엄스는 이 제도에 온 뒤 그리스도교를 전파했다.

1888년 영국인들이 라로통가를 보호령으로 두면서 '아리키'는 남부의 섬들을 통치했는데, 1892년경 보호령은 남부의 섬 전체로 확대되었다. 연합의회가 만들어졌고 각각의 섬은 자치정부에서 통치했다. 마니히키·펜린을 포함한 북부의 섬들은 1860년대에 페루인들의 습격을 받았다. 1901년 이 제도는 노던 제도와 함께 뉴질랜드에 합병되었고, 1915년 뉴질랜드에서 이 제도의 장관과 판무관을 임명했다. 쿡 제도의 많은 사람들이 제1차 세계대전 동안 뉴질랜드의 분견대로 복무했다. 1946년 입법 참사회가 설치된 뒤, 1957년 입법부로 승격되었다.

1962년 제한적인 자치정부가 입법부의 자문기관인 행정위원회와 함께 도입되었다. 1965년 국제연합(UN) 감독하에 치러진 최초의 보통선거를 통해 입법부가 설립되자 자치정부는 내각이 되었다. 그뒤 입법부에서는 뉴질랜드령 자치정부를 가결했다(→ 폴리네시아 지리적 인종).