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아파르트헤이트는 유색 인종에게 불리한 인종 분리와 정치 및 경제 면에서의 차별 대우를 인정해왔다.

1960년대부터 흔히 '분리발전정책'이라고 부르게 된 아파르트헤이트는 국민을 반투(순수한 아프리카 흑인)와 유색인(혼혈 인종) 및 백인으로 구분하는 1950년의 주민등록법으로 시행이 가능해졌다. 4번째 부류인 아시아인(인도인과 파키스탄인)은 나중에 추가되었다(컬러드, 인종주의).

법률이 인정하는 인종분리정책은 1948년 이전에도 남아프리카 공화국에서 널리 시행되었지만, 1948년에 집권한 국민당은 이 정책을 더욱 확대하면서 아파르트헤이트라는 이름을 붙였다.

1950년 제정된 집단 지역법은 도시에 각 인종의 거주 구역과 업무 구역을 따로 설정했고, 정부는 이미 존재하는 '신분증소지법'(신분증을 반드시 소지해야 한다는 법률)을 더욱 강화했다. 그밖에도 인종들 사이의 거의 모든 사회적 접촉을 금지하고 인종에 따른 공공시설의 분리를 정당화하며, 별도의 교육 기준을 설정하고 인종에 따라 특정 직업을 갖는 것을 제한하며, 유색 인종의 노동조합을 축소하고, 유색 인종이 (백인 국회의원을 통하여) 중앙 정치에 참여하는 것조차 인정하지 않는 법률들이 존재했다.

1951년 제정된 반투 정부법에 따라 정부는 아프리카 흑인을 다스릴 부족기구를 재건했고, 1959년의 반투 자치 촉진법은 10개의 아프리카 흑인 거주구역을 설정했다. 1970년에 제정된 반투 거주 구역 시민권법은 모든 아프리카 흑인을 실제 거주 구역에 관계 없이 흑인 거주 구역의 시민으로 규정함으로써 남아프리카 공화국 시민에서 모든 흑인을 배제했다.

1980년대초에는 흑인 거주구역 중 4개가 공화국으로 독립을 승인받았고, '블랙 스테이트'라고 부르는 나머지 거주구역도 어느 정도의 자치를 인정받았다.

그러나 모든 흑인 거주구역은 정치적으로나 경제적으로 여전히 남아프리카 공화국에 의존했다. 한편 남아프리카 공화국의 경제도 유색 인종의 노동력에 의존하고 있기 때문에, 정부는 이 분리발전 정책을 시행하기가 어려웠으며 국내에서도 아파르트헤이트에 대한 반대는 끊이지 않았다.

아프리카 흑인 단체들은 일부 백인의 지원을 받아 시위와 파업을 벌였고, 폭동과 파괴 활동도 수없이 많았다. 아프리카 흑인 학생들에게 남아프리카어를 필수적으로 배우도록 강요하려는 시도는 결국 1976년에 소웨토 폭동을 유발했다. 아파르트헤이트는 국외에서도 비난을 받았으며 남아프리카 공화국은 1961년 영국연방에서 탈퇴할 수밖에 없었다. 1985년에는 영국과 미국이 남아프리카 공화국에 대한 선택적 제재 조치를 단행했다.

이러한 국내외적 압력 속에서 1990~91년 클레르크 대통령은 아파르트헤이트의 근간을 이루는 법률들을 대부분 폐지함으로써 보다 근본적으로 정책을 전환해갔으나 인종분리는 여전히 남아프리카사회에 구조적으로 굳게 자리잡고 있었다. 그러나 1993년의 신헌법으로 흑인과 기타 인종집단에 참정권이 부여되고 1994년 다인종총선거에서 아프리카민족회의(ANC)의 의장인 넬슨 만델라가 대통령에 당선됨에 따라 남아프리카에서는 최초의 흑인정권이 탄생했으며 이로써 적어도 법률상으로는 아파르트헤이트에 종지부를 찍게 되었다.