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생식기변형 가운데 가장 잘 알려지고 널리 퍼져 있는 방법은 포경수술(包莖手術)이다.

음경망울[尿道口]과 음낭 사이의 길이를 변화시키기 위해서 남자 성기의 아래쪽 면을 따라 나 있는 요도를 절개하는 할례(割禮 subincision)는 오스트레일리아 원주민들의 성인식 때 널리 행해지며, 남태평양 피지 제도 주민과 통가 주민, 아마존 원주민들 사이에서는 치료법 중의 하나로 알려져 있다. 관습적으로 한쪽 고환을 자르는 단고환수술은 중앙 알제리와 이집트의 베자족, 에티오피아의 시다모족, 중앙 아프리카의 산족·코이코이족, 몇몇 오스트레일리아 원주민, 그리고 미크로네시아의 포나페 섬에서 행해지는 것으로 알려져 있다. 양쪽 고환을 모두 거세하는 방법은 이슬람 국가의 후궁이나 고대 중국과 한국 등의 궁궐에서 시중을 드는 환관으로 만들기 위해 사용되었으며, 19세기말 교황 레오 13세가 법으로 금지하기 전까지 몇 세기 동안은 카스트라토라 불리는 로마 가톨릭 교회 성가대의 남성 소프라노와 알토 가수를 만들기 위해서도 이 방법을 썼다(→ 카스트라토). 중앙 아프리카의 아잔데족과 바빌로니아인, 고대 이집트인, 고대 중국인과 그밖의 지역에서 양쪽 거세는 간통에 대한 징벌을 뜻하는 절단법이다.

인도네시아 셀레베스의 토라드자족·사당족, 보르네오의 일부 다야크족의 성인 남자들 중 많은 수는 성교 상대의 쾌락을 높이기 위해 음경귀두를 뚫어서 양끝에 둥근 혹이 달린 4㎝ 정도의 성기 장식핀을 끼운다. 셀레베스의 알푸르족은 같은 목적으로 음경귀두의 피부 밑에 작은 조약돌을 넣는다.

여성 생식기의 변형은 각 지역마다 다양한 형태로 이루어진다. 아프리카와 고대 이집트, 인도, 말레이시아, 오스트레일리아, 그리고 러시아의 그리스도교 분파인 스콥치 사이에서는 생식기의 절제(음핵의 일부 또는 전부를 제거하는 음핵절제, 음핵환상절제술을 시행하거나 때때로 음순이나 불두덩[陰阜]까지 자르기도 함)가 이루어진다.

멕시코의 토토낙족과 열대 남아메리카 원주민들 사이에서는 어떤 부분도 제거하지는 않는 성기 절개를 하며 동부 아프리카와 일부 아랍민족 사이에서는 다시 절개하기 전에는 성교할 수 없도록 작은 구멍만 남기고 소음순을 붙이는 음부봉쇄술(陰部封鎖術)이 행해진다. 또한 오스트레일리아 원주민들 사이에서는 절개를 통해 질입구를 넓히는 확장술을 사용하며, 남아프리카와 캐롤라인 제도의 문헌에서는 음순을 늘이는 방법(tablier)이 나타난다. 그밖에 오스트레일리아 원주민과 몇몇 종족들은 인위적으로 처녀막을 파열시키기도 한다.