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세균은 지구의 생물사 중 아주 일찍 나타난 것으로 믿어진다. 데본기의 암석(약 4억 년 전)에서 화석으로 발견되었으며, 핵물질의 특징에 의하면 세균은 남조류와 아주 유사하다. 광합성 세균으로부터 일반 세균과 남조류가 갈라져 나온 것으로 보인다. 몇몇 그룹의 세균은 다른 그룹의 생물체와 유사점을 보이는데, 방선균은 균류와, 점액균은 점균류와 여러 면에서 유사하다. 마이코플라스마(Mycoplasma：예전에는 PPLO와 L형이라고 했음)는 변화가 심한 생물체로 조직화가 결여된 것으로 보인다.

마이코플라스마(mycoplasma)

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세균의 모양과 크기, 콜로니의 형태가 세균 분류에 주된 열쇠 역할을 한다. 그러나 영양요구, 대사산물, 화학물질에 대한 반응성, 항원 조성, 환경변화에 대한 내성 등이 종에 따라 일관되게 나타나므로 점차 그 중요성이 더욱 커지고 있다.

버기의 분류체계(Bergey's Manual of Determinative Bacteriology)에서는 세균의 모양과 세포의 견고성, 세균의 운동성, 세포의 집단화 양상과 몇몇 생리적 특성에 기초하여 슈도모나스목(―目 Pseudomonadales)·유협세균목(Chlamydobacteriales)·총생미생물목(Hyphomicrobiales)·진정세균목(Eubacteriales)·통상세균목(Caryophanales)·방선균목(Actinomycetales)·활주세균목(Beggiatoales)·점액세균목(Myxobacteriales)·스피로헤타목(Spirochaetales)·마이코플라스마목(Mycoplasmatales)의 10개의 목으로 나누었다.