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세균이 동물의 조직 안으로 침투하면 항원으로 작용할 수 있다. 동물은 자기방어 메커니즘의 하나로 항체를 만들어 침입한 세균을 무력화시킨다. 항원―항체반응은 매우 특이적이고 민감하며, 한 세균은 여러 가지 항원(편모·캡슐·세포벽 항원 등)을 가진다. 한 세균의 항원 스펙트럼은 다른 종류의 것과 다르며, 특이적 면역반응을 보인다.
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