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베드로의 체류지·순교·매장 등을 둘러싼 문제들은 〈신약성서〉와 초대교회를 연구할 때 부딪치는 복잡한 문제들 가운데 하나이다.

〈사도행전〉이나 〈로마인들에게 보낸 편지〉에 베드로가 로마에서 살았다는 언급이 없으므로 일단 여기서 추측을 멈추게 되지만 그것이 전부는 아니다. 만일 베드로가 〈베드로의 첫째 편지〉를 썼다면 5장 13절의 '바빌론'에 대한 언급은 베드로가 한동안 제국의 수도에 머물렀다는 유력한 증거가 된다. 베드로가 그 편지의 저자가 아니었다 하더라도 이 비밀스런 표현은 적어도 1세기말 또는 2세기초의 전승을 반영한다.

바빌론은 로마를 가리키는 비밀스런 표현인데, 〈요한의 묵시록〉(14：8, 16：19, 17：5~6)과 여러 유대교 예언자들의 글에서 그런 뜻으로 사용되었다.

1세기말에는 베드로가 로마에서 살았다는 전승이 이미 퍼져 있었을 것이다. 더 나아가 그 전승을 뒷받침해 주는 초기의 증거가 2세기초 안티오키아의 주교 이냐시오가 쓴 〈로마인들에게 보낸 편지 Letter to the Romans〉에도 나온다. 베드로가 로마에서 25년간 주교직을 수행했다는 전승은 3세기초, 아니면 3세기 중반에 가서야 비로소 생긴 듯하다.

베드로가 로마 교회를 세웠다거나 또는 그가 이 교회의 초대 주교였다는 주장은 지금도 쟁점으로 남아 있으며 2세기 중반이나 말에 나타난 증거에 근거한다. 〈요한의 묵시록〉 21장 18~19절은 예언의 문학적인 형태로 분명히 베드로의 죽음을 언급한다. 이 장을 쓴 사람은 베드로가 늙어서 순교한 데 대한 전승을 알고 있었다. 그리고 이 부분에는 그가 십자가형을 당해 죽었다고 볼 만한 점이 있다. 그러나 언제, 어디서 죽었는지에 대해서는 암시조차 없다.

베드로가 로마에서 순교했다는 설을 뒷받침해주는 가장 강력한 증거는 로마의 클레멘스가 쓴 〈고린토인들에게 보낸 편지 Letter to the Corinthians〉(96경, 5：1~6：4)에서 볼 수 있다.

"다른 사람들의 몹쓸 시기심 때문에 한두 번이 아니라 숱하게 고난을 당하고 증인의 일을 해낸 베드로는 마땅히 영광스러운 곳으로 갔다(5：4).…… 거룩하게 살았던 이 사람들(베드로와 바울로)은 타인의 시기로 인해 수 없이 많은 고문과 끔찍한 일을 당하고, 우리들 가운데 모범이 된 수많은 선택받은 사람들 중 하나가 되었다(6：1)." 이 자료들과 후기 저작들에 나오는 암시에 근거해서 많은 학자들은 베드로가 순교한 장소는 로마로, 그 시기는 네로 시대로 추정하게 되었다.

파도바의 마르실리우스(1275경~1342경)가 〈평화의 수호자 Defensor pacis〉를 쓴 이래로 베드로가 과연 로마에서 살다가 순교했는가 하는 질문의 일부로 베드로가 어디에 묻혔는가 하는 문제도 논의되어왔다.

〈신약성서〉에는 이 문제를 해결해줄 만한 실마리가 전혀 없다. 최초의 증거(200경)는 가이우스(또는 카이우스)의 글 중 한 단편에 나오는데, 그것은 베드로의 '트로파이온'(기념비)이 바티칸에 있다는 적어도 한 세대 전의 전승(165경)을 담고 있다. 비록 정확한 파악이 어렵긴 하지만 이 시기에 바티칸 지역이 베드로의 무덤이나 그가 승리한(순교한) 지역에 세운 기념비와 연관이 있었음을 알 수 있다.

어떤 학자들은 교황 다마소(366~384 재위)의 비문을 근거로 그가 비아 아피아에 있는 '아드 카타쿰바스'(산세바스티아노의 '지하묘지')에 묻혔다고 주장한다.

이 비문은 매우 불분명한 용어로 되어 있어서 교황 그레고리오가 황녀 콘스탄티나에게 보낸 편지와 〈교황 역대실록 Liber Pontificalis〉에 실린 코르넬리우스의 설명처럼 잘못 해석될 소지가 많이 있었다. 앞서 언급한 것을 제외하면 후기의 문학 전승은 한결같이 바티칸 언덕을 베드로가 묻힌 장소로 본다.

19세기말에는 베드로와 바울로의 묘지가 '아드 카타쿰바스'였다는 이론을 실증하기 위해 발굴작업이 시작되었다.

약 50년간의 탐사를 끝마친 오늘날에는 이미 200년경부터 그곳에 그리스도교가 영향을 미쳤지만 260년경에야 그곳에 사도들을 기리는 제의가 행해졌으리라고 결론지었다. 그러나 사도들의 유골이 안치되었다고 전해내려온 이 지역 전체에 대한 발굴작업도 베드로와 바울로가 원래 그곳에 묻혔다든가 아니면 다른 곳에 묻혔다가 훗날 그곳으로 이장되었다는 증거를 전혀 내놓지 못했다.

4세기초 콘스탄티누스 황제(337 죽음)는 어려움을 무릅쓰고 바티칸 언덕에 대성당을 세웠다.

장소를 남쪽으로 조금만 옮겼어도 대교회당을 평지 위에 비교적 쉽게 세울 수 있었는데 힘들게 그곳에 세운 것으로 보아 콘스탄티누스 황제가 베드로의 유골이 조그만 아이디쿨라(Aedicula：작은 성상을 모신 신전) 밑에 안장되어 있음을 확신한 것 같다. 발굴의 목적은 콘스탄티누스의 확신이 사실인지, 아니면 단지 오해에 불과했는지를 판단하는 일이었다.

오늘날 성 베드로 대성전의 중앙 제대 훨씬 밑에 있는 이 자리의 발굴은 1939년에 시작되었다.

발굴과정과 발굴된 것을 해석하는 데 따르는 문제들은 대단히 복잡했다. 어떤 학자들은 꽤 늦게 세워진 아이디쿨라의 옆면 벽돌에서 발굴된 상자에 베드로 성해들의 일부가 담겨 있는데, 이 성해들은 원래 아이디쿨라 밑 땅속에 안치되어 있었다고 믿는다. 이를 믿지 않는 학자들도 많다. 베드로의 무덤이 아이디쿨라 터에 있었다 하더라도 그것을 입증해줄 만한성해가 오늘날에는 남아 있지 않다. 그뿐만 아니라 비교적 최근까지 옆벽에 안치되어 있던 이 상자 속의 성해들도 긍정적인 결론을 이끌어낼 만한 근거가 되지 못한다. 고고학적 조사도 베드로의 무덤 위치에 관한 의문을 어느 정도 확실하게 풀어주지 못했다.

만일 베드로의 무덤이 아이디쿨라에 없었다면 인접한 다른 지역에 있었거나, 아니면 그의 시체를 아예 발견하지 못해 장사도 치르지 못했을 수도 있다.