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1,000여 년 전에 기니비사우 해안에는 철기를 사용하는 농경민들이 살고 있었다. 그들은 관개와 건지농법을 이용한 벼농사에 특히 뛰어났으며, 수단 서부의 인근지역에 소금을 공급해주는 주요공급원이기도 했다. 이 지역은 거의 같은 시기에 말리 제국의 지배하에 들어가 가부라는 속국이 되었다. 가부는 1546년 이후에 실질적인 자치왕국이 되어, 1867년까지 존속했다.

기니 해안에 최초로 상륙한 외국인은 포르투갈인들로, 그 시기는 1440년대부터인 것으로 추정된다. 포르투갈인들은 기니에서 카보베르데 제도에 이르는 지역 일대에서 노예를 수입했는데, 그들의 노예 무역은 신세계 개척으로 노예 인력수요가 늘어나면서 더욱 활기를 띠게 되었다. 포르투갈은 기니 일대의 지역에 대한 통치권을 선포했으나, 기니비사우에 대한 실질적인 지배권은 최소한의 수준에 머물러 있었다.

기니비사우 경제는 노예매매업을 제외하고는 정체되어 있었으며, 부족간에 전쟁도 잦았다. 포르투갈인들은 노예 무역이 끝나면서부터 새로운 이권을 찾아 내륙지대에 파고들었고, 1879년 기니비사우는 카보베르데와 분리되어 통치되기 시작했다. 내륙지대에 대한 포르투갈인들의 정복사업은 때로는 느린 속도로 때로는 급격하게 진행되었다. 이 정복사업은 우여곡절 끝에 1915년에 종결되었으며, 토착민들의 산발적인 저항이 1936년까지 계속되었다. 포르투갈의 군사·행정 거점들에 대한 기니비사우 토착민들의 공격은 1961년 PAIGC 소속 게릴라들의 습격에서 비롯되었다. 10년 이상의 전쟁 끝에 1974년 기니비사우는 포르투갈로부터 독립을 쟁취했다.

1977년에는 카보베르데와의 합병 노력이 실패로 끝났고, 1980년에는 기니 출신의 비에이라 준장이 주도한 쿠데타가 성공, 기니비사우 혁명평의회가 수립되었다. 당시 혁명평의회는 카보베르데 흑인들을 평의회 구성에서 제외시켰다. 기니비사우에 입헌정체(立憲政體)가 다시 수립된 것은 1984년 5월의 일이다.