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기니비사우는 남서쪽에서 북동쪽으로 크게 3지역, 즉 해안 저지대, 내륙 평원지대, 북동부의 고지대로 나눌 수 있다. 해안 저지대에는 광대한 맹그로브 습지와 리아스식 해안(또는 익곡)이 발달되어 있으며, 내륙지대 북동쪽으로 거의 전국토의 1/3을 차지하고 있다.

평균강우량은 이 지역에서 가장 높고, 해안에서 내륙 쪽으로 갈수록 점점 낮아져 해안지대가 2,500㎜ 이상이며, 내륙지대는 1,800∼2,000㎜이다. 이 지역에서는 쌀이나 사탕수수 같은 열대작물들이 재배된다. 내륙 평원지대는 대략 북서쪽의 세네갈 국경과 게바 강(높낮이가 고른 기니비사우 국토를 구불구불 흐르는 여러 강 중의 하나) 사이에 걸쳐 있으며, 숲이 울창하고 해안지대만큼이나 기온이 높아 연평균기온이 26∼27℃에 이르며, 강우량은 1,500∼1,800㎜이다.

북동부의 고지대에는 외곽지역에 솟아올라 있는 기니의 푸타잘롱 고원(높이 180m), 기니비사우 중심부에 있는 바파타 고원, 북동쪽에 위치한 가부 고원 등이 펼쳐져 있다. 이 지역 일대의 강우량은 1,300㎜ 이하로 떨어지며, 건기(11∼4월)가 남동부지역보다 뚜렷하게 나타난다. 이 지역은 사실상 세네갈과 기니의 사바나 지대 연장선상에 있어, 건조한 땅에서 잘 자라는 수수·기장·목화 같은 작물들을 재배하기에 유리하다.

기니비사우에서는 물가에 사는 야생동물을 흔히 볼 수 있으며 악어·뱀·사다새(펠리칸)·홍학 등이 많다. 사바나 지역이기 때문에 가젤·표범·하이에나 등도 많다. 보크사이트와 인산염이 많이 매장되어 있으나 아직 개발되지는 않고 있다.