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삼한시대에는 변진 12국에 속했으며, 삼국시대 초기에는 가야의 영역이었다. 그러나 신라의 세력 확장에 따라 신라의 영토가 되어 고자군(古自郡)이 설치되고, 통일신라시대인 757년(경덕왕 16)에 고성군(固城郡)으로 개칭되었다. 고려시대에는 995년(성종 14)에 고주(固州)가 된 후 현으로 강등되는 등 여러 번 행정제도의 변화가 있었으나 1391년(공양왕 3)에 고성현이 되어 조선시대까지 유지되었다.

통영군의 명칭은 고성현에 있었던 경상도·전라도·충청도 등 3도의 수군을 통괄하는 삼도수군통제사영(三道水軍統制使營)을 줄여 부르던 이름인 통제영 또는 통영에서 유래한 것이다. 임진왜란이 일어난 후 수군을 총 지휘할 목적으로 1593년(선조 26)에 이순신을 삼도수군통제사로 임명하고 일본이 남해와 서해로 향하는 길목인 한산도에 통제영을 설치한 데서 비롯되었다. 이후 통제영은 한산도에서 거제현으로, 다시 한산도와 마주보고 있는 고성현의 통영반도 끝부분으로 위치를 옮겼다.

1870년에 고성현이 도호부로 승격되고 중심지를 통제영 안으로 옮겼으나 1872년에 다시 옛 자리로 돌아갔다. 1895년 지방제도 개정으로 통제영을 폐지했으나, 1900년에 폐지한 통제영에 진남군을 설치하고 통영에 소속되었던 여러 섬과 고성군의 도선면·광이면·광삼면, 거제군의 가좌도·한산도를 관할구역으로 했다.

1909년에 진남군을 용남군으로 개칭했으나, 1914년 군면 폐합 때 용남군과 거제군을 통영군으로 통합했다. 이때 면의 폐합도 이루어져 용남군의 한산면은 그대로, 가좌면·서면(일부)·동면이 통영면으로, 산양면·서면(일부)이 산양면으로, 도선면·산내면이 도산면으로, 도남면·광삼면이 광도면으로, 사량면·원삼면이 원량면으로 통합되었다. 또 거제군이 폐지되고 거제군의 이운면·둔덕면·사등면·일운면·동부면·하청면·연초면은 그대로, 서부면이 거제면으로, 장목면·외포면이 장목면으로 통합되었다. 1931년에 통영면이 읍으로 승격되고, 1953년에 통영군에서 거제도가 분리되어 거제군으로 독립했다.

1955년에 원량면이 욕지면과 사량면으로 분할되었으며, 통영읍이 충무시로 분리·독립했다. 1995년 실시된 전국행정구역개편으로 역사적인 배경과 생활권이 하나였던 충무시와 통영군이 하나로 통합되어 새로운 형태의 도농통합시인 통영시를 이루었다.