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1272년 부활절에 토마스는 나폴리대학교에 도미니코 수도회 대학을 설립하기 위해 이탈리아로 돌아왔다.

이것은 대학교의 부흥에 관심을 가졌던 앙주 왕 샤를이 요청한 것에 대한 응답조처였다. 오순절 주간에 피렌체에서 개최된 도미니코 수도회 참사회 총회에 참가하고 가정 문제를 해결한 뒤, 10월 나폴리대학교에서 강의를 맡아 그 이듬해말까지 강의를 계속했다. 수년 동안 토마스는 아베로에스주의자들과 논쟁하는 한편, 인간을 타락한 존재로 보았던 전통적인 아우구스티노 사상을 따랐던 그리스도교 대가들과도 논쟁했다.

그런데 그당시에는 후자의 논쟁이 더 중요한 것이 되었다. 1273년 나폴리대학교에서 개최된 일련의 협의회에서 프란치스코 수도회 탁발수사이자 파리 시절 토마스의 친한 동료였던 보나벤투라는 토마스의 가르침을 위시하여 아리스토텔레스 성향을 띤 사상을 새롭게 비판했다. 그는 철학이 신학과 구별된다는 명제를 비판했을 뿐만 아니라 물리적 자연이 이미 결정된 법칙을 가지고 있다는 관념도 비판했다.

그는 특히 인간 본성을 이루는 2가지 필연적 원리인 영혼과 육체가 서로 결합되어 있다는 이론을 비판했으며, 아리스토텔레스의 입장(지식이 형상에 근거한다는 플라톤-아우구스티노의 이론을 부정함)을 강력하게 반대했다.

보나벤투라와 토마스의 이견은 심각했다. 모든 그리스도교 철학자들은 물질과 정신이 구별된다고 가르쳤지만, 각 개인 안에서 물질과 정신의 내적 관계를 찾는 경우에만 이러한 구별을 지적으로 규명할 수 있었다. 견해 차이는 이것을 설명하는 과정에서 나타났는데, 그것은 관념론 철학과 실재론 철학의 지적인 차이였을 뿐만 아니라 정서적인 차이이기도 했다.

어떤 철학자들은 물질세계를 단순히 물리적·생물학적인 실재로만 보았다. 그것은 영적인 인간들의 역사가 연출되고, 문화가 전개되고, 구원이나 멸망이 결정되는 무대에 불과하다는 것이다. 이 무대 자체는 정신적 사건과 무관하다. 자연의 역사는 우연히 정신의 역사가 펼쳐지는 무대가 되었을 뿐이다. 자연의 역사는 의연히 그 나름의 길을 간다. 자연의 역사에서 인간은 이방인이다. 인간은 자연의 역사에서 막간의 역할을 맡을 뿐인데, 그것은 오로지 가능한 한 빨리 세계로부터 탈출하여 순수한 정신의 세계, 곧 하느님의 세계로 들어가기 위해서이다.

이와는 정반대로 토마스는 자연의 역사를 정신의 역사로 편입시키는 것과 동시에 자연의 역사에 대한 정신의 역사의 중요성에 주목했다. 인간은 존재론적으로 두 세계의 접합점이다. 인간은 '물질적인 것과 정신적인 것이 만나는 지평선'과도 같다. 인간에게서 정신과 자연은 구별될 뿐만 아니라 이 둘은 내적인 동질성을 갖고 있기도 하다. 아리스토텔레스는 아퀴나스에게 영혼이 육체의 '형상'이라는 사상을 설명하는 데 필요한 범주들을 제공했다. 아리스토텔레스에게서 형상은 어떤 사물을 현재의 상태로 존재하게 하는 것을 의미한다.

사물을 구성하고 있는 형상과 질료는 모든 사물을 구성하는 2가지 내적인 원인이다. 토마스 아퀴나스에게서 육체는 인간의 질료이고, 영혼은 인간의 형상이다. 그러나 그당시 많은 학자들은 토마스가 정신의 초월성(영혼이 육체의 죽음 뒤에도 살아 있다는 교리)을 충분히 보장하지 못했다고 비난했다.

1274년 1월 토마스 아퀴나스는 라틴 교회와 그리스 교회의 분열을 치유하기 위한 제2차 리옹 공의회에 참석하라는 그레고리오 10세의 개인적인 부름을 받았다.

리옹으로 가던 도중에 그는 병에 걸렸다. 그는 포사노바의 시토회 수도원에 체류하다가 1274년 3월 7일 그곳에서 죽었다. 1277년 신학 문제에 대한 최고의 관할권을 가지고 있던 파리의 대가들은 219개에 달하는 일련의 명제를 정죄했는데, 그 가운데 12개는 토마스의 명제들이었다. 이것은 중세기에 있었던 것 가운데 가장 극심한 정죄였다. 이 정죄가 미친 영향은 그 이후 사상의 발전에서 엿볼 수 있다.

이 정죄는 수세기 동안 아퀴나스의 우주적·인간학적인 실재론을 거부했던 건강하지 못한 정신주의를 조장했다.