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북으로 아이올리스, 남으로 카리아와 접경하고 있었으며 인접한 섬들을 포함했다. 이 지역은 대체로 높이 1,600~2,000m의 산지(山地)로 분리되어 있는 3개의 계곡, 즉 헤르무스(지금의 게디즈) 강, 카이스테르(퀴취크멘데레스) 강, 마이안데르(뷔위크멘데레스) 강가의 평지로 이루어져 있었다.

BC 1200년 이전에 히타이트 제국과 이웃했던 이오니아는 초기 그리스인들에게 아시아라 불렸고 히타이트어로 된 기록에 나오는 아수와에 해당하는 듯하다. 그러나 이오니아란 이름 자체는 이 시대의 어떤 기록에도 나오지 않을 뿐더러 호메로스도 아카이아(아카이오스) 시대에 아시아 해안에 이오니아인의 부락이 있었다는 말을 하지 않았다.

이 이름은 도리스족의 침략으로 그리스에서 아카이아인의 왕국들이 붕괴된 후에 비로소 이곳의 지명으로 쓰였음이 분명하다. 당시 이오니아의 그리스 난민들이 에게 해를 건너 동쪽으로 이주했으며, 이 사실은 그리스인들이 BC 1000년경~900년에 아나톨리아로 이주했다는 것을 밝혀주는 고고학적 자료들과도 일치한다. 수많은 초기 이오니아의 작은 부락들은 BC 8세기(혹은 더 일찍)에 12개 주요도시들(본토의 포카이아·에리트라이·클라조메나이·테오스·레베도스·콜로폰·에페소스·프리에네·미오스·밀레토스 등과 키오스·사모스 섬)로 통합되어 파니오니온이라는 배타적인 종교적 동맹을 결성했다. BC 700년 이후, 이오니아인들은 내륙 침투에서 리디아의 메름나드 왕가와 충돌을 빚게 되었고 이에 따라 이오니아 뱃사람들은 흑해 지역과 지중해의 프랑스·스페인 해안을 따라 활동해 이곳에 많은 식민지를 건설했다. 크로이소스 치세(BC 560경~546)에는 이오니아의 대부분이 리디아의 지배하에 들어갔으며 이후 아케메네스 왕조의 페르시아로 넘어갔다. BC 499년경 이오니아의 여러 도시들이 페르시아에 맞서 반란을 일으켰다가 실패한 것은 페르시아 전쟁의 서막이 되었다. 그뒤 BC 5세기에는 아테네의 지배를 받았다. 스파르타는 펠로폰네소스 전쟁 말기(BC 413~404)에 이오니아에 영향력을 행사했으나 BC 387년 이오니아 본토를 페르시아에 넘겨주었다. 알렉산드로스 대왕과 안티고노스 1세 모노프탈모스의 치세에 이오니아는 명목상 독립했다(BC 334~301). 그러나 셀레우코스 왕국과 아탈로스 왕조에 속해 있다가 로마의 속주가 되었다. 제국의 지배 아래서 주요도시들은 다시 번영을 누렸고 이 지방의 많은 훌륭한 유적들이 이 시대에 세워졌다. 에페소스·밀레토스·스미르나·키오스는 로마 세계에서 가장 화려한 도시들에 속했고 비잔틴 시대에도 계속 번창했다.