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이 지역 최초의 거주민은 반투어계 종족이었던 것으로 추정된다.

그후 17세기말에 이르러 나일-햄어군이 우간다 북부로 이동해왔고, 그로부터 1세기 뒤에 남부로 이주해왔다. 아랍인이 이 지역에 들어온 것은 1840년대 상아와 노예 교역을 위해서였다. 이 지역 최초의 유럽 탐험가 존 해닝 스피크와 제임스 오거스터스 그랜트는 1862년에 부간다 왕국을 횡단했다. 카바카(통치자) 무테사 1세는 1877년에 영국성공회 선교회의 첫 선교사들이 부간다 왕국에서 활동할 수 있도록 허가했으나, 1884년에 무테사가 죽고 그의 아들 음왕가가 왕위에 오르면서 그리스도교도를 박해하기 시작했다.

그러나 그후 아랍인들이 카바카 음왕가와 그리스도교 선교사들을 몰아내고 왕국의 통치권을 장악했다.

그리스도교도인 간다족의 도움으로 음왕가의 왕국이 재건되었으나, 곧 다시 유럽의 지배하에 놓이게 되었다.

1989년 독일인 카를 페터스는 음왕가와 보호조약을 맺었지만, 이 조약은 1890년 영국과 독일 간에 남위 1°선 이북 지역은 영국의 영향권하에 둔다는 내용의 조약이 체결되면서 무효화되었다. 같은 해 영국 동아프리카회사가 영국 정부를 대신해 이 지역 관리를 맡게 되었고, 이 회사의 F.D. 루가드는 음왕가와 부간다를 이 회사의 관리하에 둔다는 조약을 맺었으며, 서부의 은콜레·토로 왕국과도 보호조약을 맺었다.

1894년 부간다는 정식으로 영국의 보호령이 되었고, 1896년에는 부뇨로·토로·은콜레·부소가 등이 보호령에 포함되었으며, 1890년대 후반에는 빅토리아나일 강 북쪽 지역까지 확대되었다.

1914년에 남서부 국경에서 작은 전투가 몇 차례 있기는 했지만, 제1차 세계대전중에는 우간다에 침략의 위험이 거의 없었다. 그러나 제2차 세계대전 때 우간다는 경제적으로 자립해야 하는 상황에 놓이게 되었다. 전쟁이 끝난 1945년 최초로 아프리카인이 입법위원회에 진출한 이후 아프리카인의 정치참여가 꾸준히 증가했으며, 1955년에는 각료 체제가 도입되었다.

그러나 부간다 왕국의 간다족 통치자는 정부에 대히 미온적인 태도를 보였다. 1950년대 후반에는 자치에 대한 관심이 고조되었고, 부간다 왕국은 우간다로부터 독립하기를 원했다. 1962년 완전한 자치가 이루어져 간다족 출신의 베네딕토 키와누카가 초대 총리가 되었으나, 같은 해 4월에 치러진 선거를 통해 랑고족의 지도자 밀턴 오보테로 바뀌었다.

종족과 지역에 따라 정치적으로 분리되어 있던 우간다는 1962년 10월 독립했다.

1년 뒤 부간다의 통치자인 무테사 2세가 초대 대통령에 임명되었으나, 대통령과 총리 간에 그리고 다양한 종족들의 대표자들간에 분쟁이 생겨났다. 1966년 오보테는 무테사를 몰아내고 1년 후 새 헌법을 공포해 스스로 대통령에 올랐으며 모든 왕국을 폐쇄했다. 1971년에 이디 아민 장군은 쿠데타를 일으켜 권력을 장악했는데, 그의 집권기간은 폭정으로 악명이 높았다.

그는 1972년 상업·경제 부분을 장악하고 있던 아시아인들을 우간다에서 추방했고, 아촐리족·랑고족을 비롯해 다른 종족들을 박해했으며, 우간다의 경제 파탄을 초래했다. 1978년 아민은 이러한 우간다의 경제 파탄을 초래했다. 1978년 아민은 이러한 우간다 내부문제로부터 관심을 돌리기 위해 탄자니아를 침략했으며, 이에 대한 보복으로 1년 뒤 아민에 의해 추방당한 사람들의 도움을 받은 탄자니아군이 우간다를 침략해 그를 몰아냈다.

이후 추방되었던 사람들을 중심으로 연립정부가 세워지고 2명의 임시 대통령이 추대되었으나 경제정책 및 종족간의 이견 등으로 단명했다. 1980년 12월 논란 속에서 치러진 총선에서 오보테가 다시 대통령이 되었다. 그러나 아민을 몰아내는 데 중요한 역할을 했던 요웨리 무세베니는 오보테의 승리를 인정하지 않고, 무장 반정부 투쟁에 들어갔다.

한편 오보테는 국제기구이 도움을 받아 경제재건에 힘을 기울였으나, 군 내부의 아촐리족과 랑고족 출신 사이의 갈등으로 추방되고, 1985년 쿠데타를 통해 아촐리족 출신의 티토 오켈로 장군이 권력을 장악했다. 그러나 그 역시 무세베니가 이끄는 국민저항운동에 패해 결국 1986년 1월 무세베니가 대통령이 되었으며, 이후 그는 친서방정책을 통한 경제회생에 주력했다.

무세베니는 1995년 정당설립 금지를 합법화하는 헌법을 공포했고, 1996년에는 정당이 없는 상태에서 실시된 의회 및 대통령 선거에서 승리해 우간다 최초의 직선 대통령이 되었다. 그러나 20세기말 우간다의 경제적·정치적·사회적 상황은 여전히 많은 어려움에 직면해 있다.