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우주론과 일식의 참된 원인을 발견한 것으로 유명하다. 아테네의 정치가 페리클레스와 친했다. 480년경에 나중에 그리스 문화의 중심지가 된 아테네로 이주해 이오니아의 참신한 철학적 실천과 과학적 탐구정신을 전파했다. 아테네에서 지낸 지 30년이 되던 해에 태양은 펠로폰네소스 반도보다 조금 더 큰 백열의 돌덩이라고 주장함으로써 불경죄로 기소되었다. 그에 대한 공격에는 간접적으로 페리클레스에게 타격을 가하려는 의도가 깔려 있었다. 페리클레스가 가까스로 구해주었지만 아낙사고라스는 결국 아테네를 떠나야 했다. 그는 람프사코스에서 은둔생활을 하다가 생을 마쳤다.

아낙사고라스의 저작 중 몇 개의 단편만이 남아 있으며, 그의 사상은 다양하게 해석되어왔다. 그러나 근본적인 특징은 뚜렷하다. 그의 우주론은 물리적 세계를 어떤 유일한 근본요소에 의해 설명하려 한 앞선 그리스의 사상가들의 노력을 바탕으로 생겨났다. 파르메니데스는 그러한 가정은 운동과 변화를 설명할 수 없다고 주장했고, 이에 대해 엠페도클레스는 4원소를 설정하여 이러한 난점을 극복하려 했으며, 아낙사고라스는 무한개의 원소를 설정했다.

열이나 물 같은 원소를 근본 실체로 삼은 선행자들과 달리 아낙사고라스는 살·뼈·껍질·잎사귀같이 생물체에서 나타나는 요소들도 실체로 보았다. 그렇지 않다면 어떻게 살이 살 아닌 것으로부터 생겨날 수 있겠는가라고 그는 반문한다. 또 그는 가령 먹고 마심에 따라 살·뼈·머리카락이 자라는 것처럼 실체가 새로운 모습으로 발현되는 생물학적 변화에 대해서도 설명했다. 엄청나게 많고 다양한 변화를 설명하기 위해 "어떤 사물에나 모든 사물의 일부, 즉 모든 종류의 원소가 들어있으나, 다만 각 사물은 그 속에 가장 많이 들어 있는 사물의 모습으로 나타난다"고 주장했다.

아낙사고라스의 체계에서 가장 독창적인 측면은 그의 누스(nous：정신 또는 이성) 이론이다. 우주는 2단계를 거쳐 정신에 의해 형성되었다. 첫번째 단계는 아직도 계속되고 있는 회전과 혼합의 과정이고, 2번째 단계는 생명체의 발전이다. 첫번째 단계에서는 모든 '어둠'이 모여 밤을 이루었고 모든 '액체'가 모여 바다를 이루었으며 다른 원소들도 마찬가지다. 이렇게 '비슷한 것들끼리' 끌어당기는 과정은 살을 비롯한 여러 요소들이 정신에 의해 대규모로 결합되는 2번째 단계에서도 일어난다. 이 2번째 단계는 원래의 혼합물에 내재하는 동식물 종자에 의해 일어난다.

아낙사고라스에 따르면 생물체의 성장은 유기체 속에 있는 정신의 힘에 기인한다. 이 힘 덕분에 유기체는 주변의 물체들로부터 영양분을 흡수할 수 있다. 아리스토텔레스는 아낙사고라스의 정신개념을 높이 평가했다. 그러나 플라톤과 아리스토텔레스는 그의 정신 개념에는 정신이 윤리적으로 활동하고 다시 말해서 '최선'의 세계를 이루기 위해 활동한다는 견해가 결여되어 있다고 비판했다. 아낙사고라스에 관한 저서로는 J. 자피로폴로의 〈클라조메네의 아낙사고라스 Anaxagore de Clazomène〉(1948), F. M. 클레베의 〈아낙사고라스의 철학 Philiosophy of Anaxagoras〉(1949) 등이 있다.