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신채호의 초기 역사연구는 한말 언론활동 등의 계몽운동과 국권회복운동의 일환으로서 진행되었으며, 〈독사신론〉 등의 역사논문, 이순신·을지문덕 등 국난을 극복한 영웅들에 대한 전기를 비롯해서 〈역사와 애국심의 관계〉 등의 역사관계 논설이 주류를 이루었다. 1910년 망명 후에 본격적인 역사연구를 하여 1920년대 이후 〈조선혁명선언〉·〈조선사연구초〉·〈조선상고사〉·〈조선상고문화사〉를 집필했다. 그의 역사학은 이념과 방법론에서 중세의 왕조 중심의 역사관과 편년체 등의 방법론을 극복하여 근대적 역사학으로 발전했으며, 당시 일제 식민사학을 극복하는 민족주의적 사학의 특징을 잘 보여준다.

그의 역사인식은 영웅중심적 사관에서 점차 민중주체의 역사관으로 바뀌어갔다. 특히 〈조선혁명선언〉에서 일제 타도와 독립쟁취는 민족과 민중의 힘에 의한 조직적 투쟁이어야 함을 주장하고, 독립은 사회 내부의 불평등한 여러 요인도 제거하는 것을 전제로 함으로써 역사의 주체가 민중임을 분명히 했다. 또한 역사의 본질을 '아(我)와 비아의 투쟁'이라고 하여 대외적으로는 아의 단위인 우리 민족과 국가의 주체성을 강조하고 내부적으로는 각 시대의 여러 역사적 현실간의 모순상극은 투쟁으로 지양된다고 하여 이를 사회발전의 계기로 보는 변증법적 역사인식을 보여준다.

이에 따라 역사서술은 민족의 성장발달의 상태와 상대자인 타민족과의 관계를 기본으로 그 위에 경제생활, 계급대립의 대세, 정치, 외세침략의 영향을 주조로 하여 전개했다. 한편 종래의 역사서에 대한 비판에 근거하여 사료비판과 고증을 중시하고, 역사적 사실의 인과관계를 파악하여 사실의 종합적 이해를 분명히 해야 한다고 보는 근대적 역사방법론을 전개했다.

그의 한국사 저술은 주로 고대사에 치중되었는데 종래의 삼한과 신라 중심의 기술에서 벗어나 단군-부여-고구려 중심의 고대사체계를 세우고 그 무대를 한반도에 한정하지 않고 중국 동북지역과 요서지방까지 확대했다. 그리고 종래 한반도에 있었다고 본 한사군을 반도 밖에 있었거나, 실존하지 않았다고 주장했다. 이러한 고대사 인식에 따라 신라의 삼국통일을 비판적으로 보고 발해의 역할을 강조했다. 1962년 건국훈장 대통령장이 추서되었다.