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1990년 4월 7일까지 15차례 개정되어 현재에 이르고 있고 74개조와 부칙으로 구성되어 있다. 이 법의 제정목적은 '사립학교의 특수성에 비추어 그 자주성을 확보하고 공공성을 앙양함으로써 사립학교의 건전한 발전을 도모'하는 것으로 되어 있어 영리만을 추구하는 사립학교의 폐단을 시정하려는 의도도 들어 있었지만, 사립학교를 감독관청의 지도를 받도록 함으로써 사립학교의 자율성을 저해하는 결과를 낳기도 했다.

학교법인의 수익사업에 관한 내용을 일일이 감독청에 신고해야 하는 규정, 임원의 정원·구성·임기 등에 관한 세밀한 제한규정을 두고 임원의 취임요건으로 감독청의 승인을 필요로 하는 규정, 교육부장관의 직권으로 임시이사를 선임할 수 있도록 한 규정, 학교법인의 예산편성요령과 회계규칙, 기타 예산 또는 회계에 관한 필요사항을 문교부장관이 정하고 감독청은 예산안의 시정을 요구할 수 있도록 한 규정, 감독청은 학교법인이 경영하는 수익사업의 정지를 명할 수 있고, 필요할 때에는 학교법인에게 보고서·장부·서류 등을 제출하도록 하여 검사할 수 있도록 한 규정, 사립학교의 장을 임명하는 경우 감독청의 승인을 받도록 한 규정 등은 사립학교의 자율적인 운영을 통제하는 대표적인 예이다. 이에 대해 사학재단측에서는 1964년 5월 2일 대한교육연합회 주최로 공청회를 열었고, 동시에 전국범사학기관장회 연석회의에서 사립학교법을 반대하는 결의문을 채택했다.

사학재단측의 반대 이유는 사립학교에 대한 감독강화는 사립학교의 자율성을 저해하여, 사립학교에 대한 투자의욕을 상실하게 하고, 행정권한이 확대되어 관권남용의 악폐를 조장하게 되며, 사학에 대한 정치적 압력이 작용하여 교육의 정치적 중립성이 위협받게 된다는 것 등이었다. 이후 사립학교의 공공성을 강조하는 문교부와 자율성을 주장하는 사학측의 관계에서 사립학교법은 계속 개정되었는데, 이중에서 대폭적으로 개정된 것은 제12차(1981. 2. 28, 법률 제3373호), 제14차(1986. 5. 9, 법률 제3812호), 제15차 개정법률(1990. 4. 7, 법률 제4226호)이다.

제12차 개정법률의 특징은 사립학교의 설립자와 대학의 장을 권한과 책임의 영역에서 명확하게 구분하고, 학교법인 설립자나 법인이 대학교육기관의 재정과 인사에 관여하는 것을 금지하는 등 사립학교의 공공성이 더욱 강조된 것이다. 제14차 개정법률에서는 대학교육기관의 예산편성을 학교의 장이 담당하고 이사회에서 심의·결정하도록 하고, 설립자 및 관계자는 대학교육기관의 장이 될 수 없었던 조항을 개정하는 등 사학재단의 권한을 강화하는 조치들이 이루어졌다.

현재 시행중인 제15차 개정법률은 학교재단의 권한을 확대하면서, 동시에 교직원들의 권리를 신장시키는 조항들이 추가되었다. 교수임용권을 총·학장에서 법인으로 이양한 것이나, 이사장의 타법인 이사장 겸직 금지조항을 해제한 것 등은 재단의 권한을 확대한 예이며, 교원징계위원회운영을 개선하고, 교원인사위원회를 신설하는 조항들은 사립학교교원의 신분보장에 관한 규정들이다.

현행의 사립학교법 중 논쟁이 계속되는 부분은 학교법인의 권한이 강화되면서도 이사회 임원의 친족비율을 1/3에서 2/5로 높임으로써 교육의 공공성이 저해될 우려가 있다는 점, 예산결산위원회가 자문기구에 불과하여 학교재정운영에 적극적으로 참여하기가 어려운 점, 교수재임용제도의 상한연한이 철폐되어 교원의 사기저하가 우려되는 점, 직권면직사유가 모호하고, 재심위원회에 교원단체의 참여를 배제함으로써 공정성의 확보가 어렵다는 점 등이다.