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영토는 이전의 나이지리아 동부지역에 해당하고 주민은 주로 이보족으로 이루어져 있었으나 1970년 1월 독립국가로서의 주권을 상실했다. 1960년대 중반 나이지리아는 정치적·경제적 불안과 인종분규에 시달리고 있었다.

대부분이 하우사족으로 이루어진 나이지리아 북부에서, 그들보다 더 부유하고 교육수준이 높은 소수 이보족에 대한 적개심은 폭력사태로 분출되었다. 1966년 가을 북부 나이지리아에서 1만~3만 명 가량의 이보족이 학살되었고, 100만 명 정도가 이보족이 지배하는 동부지역으로 피난했다. 동부지역에서는 이보족 외의 종족들이 축출되었다.

전국대표자회의가 실패로 끝난 1967년 5월 30일 이보족의 지도자인 오두메구 오주쿠중령(뒤에 장군이 됨)은 자문회의의 위임을 받아 동부지역을 '비아프라'라는 이름의 독립 주권 공화국으로 선포했다(→ 오주쿠). 그러나 연방정부의 야쿠부 고원 장군은 비아프라의 분리를 인정하지 않았고, 그해 7월 양 진영 사이에 교전이 시작되었다. 초기에는 비아프라군의 승전이 계속되었으나 시간이 흐르면서 수적으로 우세한 나이지리아 연방군이 남·서·북쪽에서 비아프라의 국경을 압박하기 시작했다.

비아프라의 영토는 본래의 1/10로 줄어들었고, 1968년에는 모든 항구를 봉쇄당한 채 내륙에 갇히게 되어 비행기를 통해서만 식량을 보급받을 수 있었다. 기근과 질병이 도처에서 발생하고 사망자의 수는 50만 또는 수백만 명으로까지 추정되었다. 사태가 이러한 지경에 이르자 아프리카 통일기구, 교황청 및 여러 단체들이 분쟁의 중재에 착수했다. 대부분의 국가들은 고원 정권을 나이지리아 전체의 합법적인 정부로 인정하는 가운데 영국과 소련은 연방 정부에 무기를 공급했으나 굶어죽어가는 비아프라 어린이들의 참상은 국제적인 동정심을 일으켜 많은 나라들이 식량과 의약품을 보내주었다. 코트디부아르·가봉·탄자니아·잠비아는 비아프라를 독립국으로 인정했고, 프랑스는 비아프라에 군수물자를 제공했다.

비아프라군은 1969년 12월과 1970년 1월초에 벌어진 일련의 전투에서 마침내 궤멸되었다. 오주쿠가 코트디부아르로 피신하고, 1970년 1월 15일 나머지 비아프라군 장교들이 연방군에 투항함으로써 비아프라의 저항은 좌절되고 말았다.