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1966년 정권을 장악하고 나이지리아 내전(1967~70)을 승리로 이끌어 1975년까지 통치했다. 나이지리아 북부지역의 소부족인 앙가스족 출신으로 영국 샌드허스트 왕립육군사관학교와 가나에서 군사교육을 받고 콩고에서 2차례 현역근무를 했다. 북부군의 고급장교였던 고원은 1966년 1월의 쿠데타에서 살아남은 뒤 참모총장으로 임명되었다. 1966년 7월에 일어난 북부군의 반쿠데타에 협조한 뒤에는 협상에 의하여 새 정부의 수반으로 임명되었다.

고원은 조속한 시일 내에 민간정부로 정권을 이양하겠다고 공언했지만 약속을 이행하지 못했다. 그동안 동부지역의 이보스족이 북부지방에서 대량으로 학살되고 고원이 이보스족의 지도자인 오도메구 오주쿠에게 동부지역 군사지휘권을 넘기기를 거절했기 때문에 이보스족의 불만은 증폭되어갔다. 1967년 5월 27일 고원은 비상사태를 선포, 나이지리아의 4개 지역을 12개주로 나누고 이보스족을 그들의 항구로부터 단절시켰다. 사흘 후 동부지방은 독립 비아프라국의 수립을 선포했다.

고원이 군통수권을 거부했으므로 정부군 3개 사단은 독자적으로 내전에 참여했다. 1970년 1월 정부군이 승리한 뒤 주로 고원의 개인적인 영향력으로 승자와 패자 사이에는 놀라운 화해가 이루어졌다. 그는 1970년대 중반까지는 아프리카 대륙 전체의 지도자로 부상되고 있었다. 1975년 7월 29일 나이지리아 군부가 외교사절로 우간다에 체류하고 있던 고원을 해임시켜 귀국이 어렵게 되자 그는 영국으로 망명했다.