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구석기시대 및 신석기시대의 유물·유적이 곳곳에서 발견되어 주목되고 있다. 지금의 단양군은 옛 단양군에 영춘현이 병합된 곳이다.

단양읍·매포읍·대강면·적성면은 옛 단양군 지역에, 영춘면·가곡면·어상천면 일대는 옛 영춘현 지역에 해당한다.

옛 단양군은 신라의 적산현으로 757년(경덕왕 16)에 내제군 영현이 되었다. 단양은 삼국시대에 삼국이 각축을 벌였던 지역으로, 551년(진흥왕 12)에 백제와 신라의 공동작전으로 신라의 영토가 되어 진흥왕이 순시할 때 세운 적성비가 남아 있다. 940년 단산현으로 고치고, 1018년에는 원주, 뒤에 충주의 속현이 되었다가 1291년에 감무를 둠으로써 독립했다. 1318년(충숙왕 5) 단양으로 이름을 바꾸고 지군사로 승격되었으며, 조선시대에도 단양군으로 있었다.

단양군과 영춘현은 1895년 지방제도 개정으로 군이 되어 충주부 관할이 되었다가 1896년 충청북도에 속했다. 1914년 군면 폐합으로 영춘군이 단양군에 통합되었다. 오지였던 이곳도 1970년대 이후 풍부한 지하자원을 바탕으로 개발이 진전되었다. 1979년 단양면이, 그리고 1980년 매포면이 읍으로 승격되었다. 1985년 충주 댐 건설로 단양군의 일부가 물에 잠기게 되자 도전리·별곡리에 신단양이 새로 건설되어 행정의 중심지로 성장하고 있다(→ 영춘현).