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지형적으로 서쪽에서 동쪽으로 3개 지역, 즉 코스타(해안지역)·시에라(고원지역)·셀바(동쪽의 광대한 열대우림지역)로 구분된다. 길고 좁은 건조 저지대인 코스타(460m)에 페루의 주요도시들이 있다. 시에라는 옥시덴탈 산계, 센트랄 산계, 오리엔탈 산계 등 안데스 산맥으로 이루어져 있다. 오리엔탈 산계는 고도가 2,750∼5,800m에 이른다. 페루 최고봉은 페루 중서부에 있는 우아스카란 산(6,768m)이다.

시에라 지역의 너비는 북부에서 95km, 남부에서 320km 이하이다. 셀바 지역은 해발 915m 이하의 습한 저지대이며, 아마존 강 유역의 열대우림지역을 포함한다. 페루를 흐르는 아마존 강의 본류로는 마라뇬 강과 우카얄리 강이 있다. 남부의 티티카카 호(8,288㎢)는 고도가 3,810m로 항행할 수 있는 수역 중에서는 세계에서 가장 고도가 높다.

페루는 대규모 지진이 일어나기 쉽다. 마지막 화산 분출이 1869년에 일어났다고 기록되어 있으나 지진은 보다 잦은 편이다. 페루의 기후지역은 고도 및 안데스 산맥에 의하여 구분되는 기후형태에 따라 다양한 분포를 보인다. 연평균기온은 해안에서 19∼22℃, 안데스에서 1∼14℃, 동부 삼림지대에서 24∼35℃에 이르기까지 차이가 크다. 강수량은 동부에서 1,900∼3,175㎜로 가장 많고, 건조한 서부 해안에서는 50㎜로 가장 적으며, 설선은 4,480∼5,000m의 분포를 나타낸다.

서부해안지역은 식생이 희박해 선인장과 메뚜기콩 정도만이 자란다. 시에라의 식생에는 다년생 관목, 선인장, 후추나무, 키 큰 초본류 등이 포함되며, 페루에서 가장 식생이 풍부한 몬타냐 지역에서는 야생고무·마호가니·기나수·코코아·바닐라·쿠라레나무 등을 주로 볼 수 있다. 낙타와 모습이 비슷한 라마(현지에서는 '야마'라고 함)·알파카·비쿠냐·과나코 등 유명한 페루 특유의 동물들이 모두 고지대에서 방목된다.

아마존 강 유역에 앵무새·원숭이·나무늘보·재규어·카피바라·악어 등이 서식하며, 강에는 피라니아가 산다. 페루에는 엄청난 양의 금·은·구리·철광·인산염·망간 등이 매장되어 있다. 북부 사막, 아마존 강 유역, 좁은 대륙붕에는 석유와 천연 가스가 대규모로 매장되어 있다. 수력발전의 개발 가능성도 매우 크다.