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자는 자현(子賢), 호는 간정(侃亭)·상현(尙玄)·무무(無無)·무능거사(無能居士). 아버지는 법무협판(法務協辦) 원긍(源兢)이다. 어려서 한학을 배웠으며, 1887년(고종 24) 영어학당(英語學堂)에 입학하여 2년간 수학했다.

1892년 한어학교(漢語學校)에 입학, 1894년 졸업한 후, 프랑스어를 공부하기 위해 1895년 관립 법어학교(法語學校)에 입학했다. 1897년 졸업 이전에 관립 한성외국어학교 교관으로 취임하여 영어·중국어·프랑스어를 가르쳤다. 1905년 사립 일어야학사(日語夜學舍)에 입학하여 일어를 공부했으며, 1906년 관립 한성법어학교 교장이 되었다. 의정부(議政府)의 명으로 1907년 3, 4월 일본의 여러 관서를 시찰하고 귀국하여 7월 국문연구소 연구위원이 되었다. 1908년 관립 한성법어학교 교장직을 사임하고 관립 외국어학교 학감이 되었으나, 1911년 총독부가 폐교령을 내려 학감직을 그만두었다. 1912년 사립보통학교를 세워 부인 정인호(鄭仁鎬)와 자신의 이름에서 따온 '능인'이라는 교명을 붙이고 교장에 취임하여 3년간 재직했다. 1915년 각황사(覺皇寺)에서 불교진흥회를 발족시키고 간사로 활동하면서, 〈불교진흥회월보〉·〈불교계〉·〈조선불교총보〉 등의 편집인으로 일했다. 그는 처음에는 부친의 영향을 받아 가톨릭교도였으나 이무렵 불교에 귀의한 것으로 알려져 있다. 1922년 조선총독부가 조선사편찬위원회를 조직하자 그 위원이 되어 15년 동안 그곳에서 일했다. 그러는 가운데 민족문화운동에 몰두하여 저서의 대부분을 이때 저술했다. 1930년 재한일본학자들의 한국학 연구모임인 청구학회(靑丘學會)의 평의원이 되어 1939년 학회가 해산될 때까지 관계했다. 한편 1931년에 박승빈(朴勝彬)·오세창(吳世昌) 등과 함께 계명구락부를 세워 계몽운동을 전개했다. 총독부의 〈조선사〉 편찬이 일단락된 후에는 잠시 이왕직(李王職)에 나갔다.

〈조선불교통사〉·〈조선도교사 朝鮮道敎史〉·〈조선신교원류고 朝鮮神敎源流考〉·〈백교회통 百敎會通〉 등의 종교관계 저술들과 〈조선무속고 朝鮮巫俗考〉·〈조선여속고 朝鮮女俗考〉·〈조선해어화사 朝鮮解語花史〉 등의 민속관계 저술을 비롯한 많은 저작을 남겼다. 특히 〈조선여속고〉·〈조선해어화사〉는 당시까지 연구의 대상으로 여겨지지도 않았던 여성 및 기생의 생활풍습과 복식·교육·연중행사 등을 연구한 저작들로 한국의 여성사 연구의 선구적인 저서이다. 그밖에도 〈조선상제예속사 朝鮮喪祭禮俗史〉·〈조선유교지양명학 朝鮮儒敎之陽明學〉·〈조선신화고 朝鮮神話考〉·〈조선의학발달사 朝鮮醫學發達史〉가 있다.