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2편으로 나누어져 있다. 제1편 대조목차는 총 13장으로 구성되어 있는데 1장부터 12장까지는 여러 종교를 불교와 비교하고 있다.

제1장에서는 도교와의 비교를 통해 서로의 도(道) 개념이 크게 다르지 않음을 밝혔다. 제2장은 무교와의 비교로 무교에서는 신이 숭배대상이 되지만 불교에서는 신이 호법신으로 등장함을 규명했다. 제3장에서는 장생불사를 추구하는 신선도와 불교를 비교하면서 신선은 결국 윤회를 벗어나지 못하는 존재라고 규정했다. 제4장에서는 유교의 천인성명의 도리와 불교의 심성을 비교했다. 제5장에서는 기독교의 창조관과 하느님 관념을 불교의 부처와 비교했다. 제6장에서는 회교, 즉 이슬람교의 천당과 불교의 극락을 중심적으로 비교했다.

제7장에서는 인도의 브라만교와 불교의 비교를 통해 브라만교에서 이상적 세계로 간주하는 범천이 완전한 경지가 아님을 비판적으로 논하고 있다. 제8장에서는 태극교와 비교하고 있다. 제9장에서는 대종교와 비교하면서 대종교의 환인이 불교의 도리천왕이고 옥황상제와 동일한 존재라고 주장했다. 제10장에서는 대종교와 불교를 서로 비교했고, 제11장에서는 천도교와 불교의 밀접한 관계를 논했다. 제12장에서는 다른 종교들이 일반적으로 하늘을 신앙대상으로 삼고 있으나 불교에서는 하늘을 욕계6천·색계18천·무색계4천 등으로 설명할 뿐 신앙의 대상은 아니라고 주장했다. 제13장은 불교요령편으로서 불교의 주요개념인 인과법·심성론·5음·6취, 그리고 일체법의 공(空)·성(性)·상(相) 등에 대해 설명했다.

제2편인 대변편에서는 외도들의 불교 비방에 대한 반론을 9개 항목으로 나누어 펼치고 있다. 그 내용을 보면, ① 불교는 허무적멸이라는 비방에 대한 반론, ② 당나라 한유(韓愈)의 불골(사리) 비방에 대한 반론, ③ 참선의 비방에 대한 반론, ④ 불교는 소극적 염세주의라는 비방에 대한 반론, ⑤ 대처와 식육의 비방에 대한 반론, ⑥ 불교는 신통영험만을 구한다는 비방에 대한 반론, ⑦ 불교는 종교일 뿐 학문이 아니라는 비방에 대한 반론, ⑧ 우상숭배라는 비방에 대한 반론, ⑨ 총설 등으로 이루어져 있다.