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원생동물의 지질학적 나이는 불확실하나 대략 15억~30억 년 정도 되는 것으로 추정된다. 화석 기록이 소수의 원생동물 군들의 역사 자료를 제공해주고 있긴 하지만, 현생 원생동물의 계통학적 유연관계를 추적하는 것은 매우 어렵다. 일반적으로 편모충류가 원생동물 중에서 가장 오래된 것이라고 보고 있다. 아마도 여러 종류의 편모충류 계통이 육질충류와 섬모충류의 여러 가지 목을 낳았을 것이다. 그러나 현존하는 계통수 모두가 매우 가설적이며 최근에는 디옥시리보핵산(Deoxyribonucleic Acid/DNA)의 염기서열을 비교하여 계통관계를 추정하고 있다.