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자유생활을 하는 원생동물은 주로 토양·담수·해수에 산다. 기생성 종은 몸의 강(腔)이나 조직 속에 살며, 어떤 것들은 세포의 내부에 살기도 한다. 자유생활을 하는 종들은 먹이의 종류와 그 풍부한 정도, 그리고 여러 생태적 요인에 따라 큰 차이를 보인다.

대부분의 원생동물들이 무리를 짓지 않고 혼자서 살아가지만 군체를 형성하여 사는 종류들도 많이 있다. 군체를 형성하는 고니움속·판도리나속·볼복스속, 그리고 어떤 섬모충류는 각 개체들이 젤리 모양의 기질 속에 묻혀 있다.

원생동물의 생존에 영향을 주는 환경적 요인들에는 먹이, 빛(광합성을 하는 종들), 온도, 산소, 이산화탄소, 주위 물질의 산도, 물 등이 있다. 그중에서도 먹이는 가장 필수적인 요소이며, 광합성을 하는 편모충류에서는 대개 인과 질소 공급원이 그들의 분포를 제한한다. 먹이의 증가는 대증식·적조처럼 놀랄 만한 집단 크기의 증가를 야기시킬 수 있다.

일반적으로 조직 깊숙이 사는 기생성 원생동물은 엄격한 혐기성이지만 다른 기생성 종류들은 비교적 넓은 범위의 산소량에 적응할 수 있다. 호수나 연못의 용존산소는 겨울과 봄에 증가하므로 이때는 호기성 원생동물에게 호조건이 되고, 여름과 가을에는 산소량이 감소하므로 혐기성 원생동물에게 호조건이 된다. 이산화탄소의 적절한 공급은 광합성 종들에게 필수적인 요소이다. 주위 환경의 pH도 어떤 종에게는 살아가는 데 제약이 된다.

공생에는 숙주가 공생자인 원생동물보다 큰 경우와 원생동물이 공생 미생물의 숙주가 되는 경우가 있다. 기생성 원생동물은 때때로 중복기생의 관계를 이루는데, 중복기생이란 숙주 속에 있는 기생성 동물이 또다시 다른 동물의 숙주가 되는 경우이다. 장에 사는 편모충류, 기생성 아메바와 섬모충류는 다시 더 작은 아메바, 미포자충류 또는 세균의 숙주가 될 수 있다.