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원생동물의 여러 생활사 가운데 가장 단순한 생활사는 활발히 살아가는 영양단계(trophic stage)와 피낭체(cyst) 형성단계로 구성된다. 영양단계는, 어떤 종에서는 하나 이상의 단계를 포함할 수 있으며 또한 유성단계(sexual stage)를 포함할 수도 있다. 유성단계가 생존에 미치는 중요성의 정도는 다양해서 어떤 종에 있어서는 유성적인 현상이 간헐적으로 일어나지만 다른 종에 있어서는 필수적이다.

피낭체의 보호력은 다양하며 어떤 종의 피낭체는 건조한 상태에서도 몇 년 동안이고 살 수 있다(→ 피낭형성). 피낭체가 되는 원인은 먹이원의 부족, 비타민의 결핍, 치명적인 pH 변화 등이며 환경 조건이 좋아지면 피낭체에서 벗어나 다시 영양단계로 들어간다. 이러한 피낭체의 형성은 성공적으로 종을 퍼뜨리는 데 중요한 역할을 한다.

원생동물의 생식법은 종류에 따라 다른데, 가장 흔한 방법은 무성생식의 일종인 이분법이다. 그 외의 무성생식 방법에는 출아, 다분열, 또는 다분열생식이 있다.

유성생식에는 동형배우자 사이에서 또는 이형배우자 사이에서 일어나는 배우자합체가 있으며 짚신벌레와 같은 섬모충류의 경우 뚜렷한 배우자의 형성이 없고 대신에 두 개체가 서로 붙는 접합이 일어나는데 이때 그들은 핵을 교환한다.

이렇게 교환된 핵은 개체 안에 이미 존재해 있던 핵과 융합하여 융합핵을 형성한다. 그리 흔하지 않은 현상이지만 한 개체 내에서 각각의 배우자를 대표하는 두 핵이 합쳐져 접합자를 형성하는 자가수정의 경우도 있다.

감수분열은 반수체를 만들기 위한 과정이지만 원생동물의 종류에 따라 그 시기가 약간 다르다. 어떤 편모충류와 포자충류들은 개체들이 그들의 생활사 대부분에 있어서 반수체이며, 수정이 된 직후에 곧바로 감수분열이 일어나서 포자를 형성하게 된다. 그리고 각 포자는 새로운 반수체 개체로 자란다.

유공충류는 대부분의 고등식물에서 볼 수 있는 것과 마찬가지로 세대교번을 하는데 이 경우는 이배체의 단계가 길고 우세하다. 섬모충류와 여러 원생동물들은 고등동물에서 볼 수 있는 것처럼 개체들이 이배체이며, 배우자 형성 과정에서만 감수분열이 일어나는데 이들은 수정이 되어 다시 이배체가 된다.

생식은 활동적이거나 비활동적인 단계에서 일어난다. 대부분의 섬모충류는 움직일 수 있는 단계에서 생식하지만 어떤 식물성 편모충류는 생식 피낭체 내에서 분열한다.

재생은 나팔벌레(stentor)에서 많이 연구되었는데, 이 동물의 경우 성체 크기의 1/100보다도 작은 조각이 완전한 생물체로 재생한다.

편모와 섬모의 재생은 흔한 현상이며, 대핵뿐만 아니라 소핵도 재생에 필수적인 종들도 있다. 원생동물에서는 멘델식 유전이 동물의 크기, 모양, 헤엄치는 속도, 광합성률 등의 많은 형질에서 보고되고 있다. 연관(linkage)은 몇 개의 형질에서 이미 확립되어 있고, 교차(crossingover)도 여러 경우에서 증명되고 있다.