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이 협약으로 프로이센은, 1806년 나폴레옹이 해체한 신성 로마 제국을 대신할 것으로 기대되어온 느슨한 독일 연방을 재구성하자는 오스트리아의 제안을 받아들였다.

프로이센은 또한 반란을 일으킨 슐레스비히·홀슈타인 공국들을 재정복하려는 덴마크를 원조하기로 약속했는데, 그때까지 프로이센은 이 공국을 둘러싸고 덴마크와 분쟁을 해왔다. 1850년 가을 헤센의 선제후가 반란을 일으킨 백성을 진압하기 위해 도움을 청하자 오스트리아와 프로이센 두 나라가 모두 군대를 보냄으로써 양국이 충돌하게 되었다. 이때 러시아 황제가 오스트리아 편에 섬으로써 프로이센 군대는 철수했다.

결국 올뮈츠 협약은 프로이센에게는 외교적 패배를, 오스트리아에게는 승리를 의미했다. 프로이센은 이어서 독일 연방 재구성과 오스트리아의 연방 주도권을 인정해야 했다. 1851년 4월 독일의 장래 조직 문제가 오스트리아에게 불리한 조건으로 타결되었지만 프로이센은 여전히 올뮈츠 협약을 불만스럽게 여겼다.