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예일대학교는 1701년 코네티컷 주에서 제임스 피어폰트 외 10명의 목사들이 세운 ‘칼리지어트스쿨’에서 비롯되었다. 하버드대학교가 불신자들에게 점점 관용적인 입장을 취하는 데 불만을 느낀 청교도 지도자 코튼 매더가 부유한 영국의 상인 E. 예일에게 원조를 청하여 상당한 기부를 받아 학교체제를 갖추었다. 1718년 지금의 위치로 옮겼으며, 대학에 여러 차례 기부를 한 예일을 기념하여 교명을 예일대학(예일칼리지)으로 바꾸었다. 초기 교육과정은 고전연구와 정통 청교도주의에 중점을 두었다.

1828년 미국 전역에서 실질적인 기술을 강조하는 새로운 대학교육 과정에 대한 요구가 일기 시작하자, 당시 예일대학교 총장이었던 제러미어 데이는 전통적인 교과를 옹호하는 〈예일 보고서 Yale Report〉를 발간했다. 이 보고서는 남북전쟁이 끝날 때까지 미국 대학에 실용적인 인문과학과 자연과학의 도입을 늦추게 하는 데 영향을 주었다. 이 대학교 교수 윌리엄 라이언 펠프스는 19세기말 영국 문학과 자유주의문화철학을 대중화한 사람으로 유명하다. 1908년에 예일대학교는 고대 그리스어를 필수과목에서 제외시켰고, 총장 아서 해들리가 재직하는 동안 전문직을 위한 훈련을 강조하기 시작했다. 남성들만 입학할 수 있었으나 1969년 처음으로 여성 입학이 허용되었다. 예일대학교는 해마다 입학경쟁이 매우 치열하며, 학문적·사회적 명성에 있어서 미국의 명문대학교로 꼽히고 있다. 뛰어난 분야로는 영문학· 역사학·철학·정치학·심리학·생물학·국제관계학 등이다.

2015년 영국 대학평가기관 QS(Quacquarelli Symonds)가 발표한 세계 대학 순위 15위, THE(Times Higer Education) 세계 대학 순위 12위, 중국 상하이 자오퉁대학이 발표하는 ARWU(Academic Ranking of World Universities) 세계 대학 학술 순위 11위로 선정되었다.

2016년 현재 학부 과정인 예일대학(예일칼리지)을 비롯하여 일반대학원, 12개의 전문대학원 등 총 14개 학교로 구성되어 있다. 학부 과정은 총 81개 전공이 있으며, 순수학문인 인문사회과학과 이공과학에 기초를 두고 있다. 일반대학원에는 73개의 학과 및 전공이 있으며, 12개 전문대학원은 건축대학원·미술대학원·신학대학원·연극대학원·공학응용과학대학원·법학대학원·경영대학원·의학대학원·음악대학원·간호대학원·보건대학원·산림환경연구대학원 등이다. 부속 시설로는 도서관, 미술관, 자연사박물관, 식물원, 방송국 등이 있다. 예일대학교 도서관은 600만 권 가량의 장서를 갖추고 있으며, 미국에서 가장 규모가 큰 도서관에 속한다. 또한 미국대학 최초로 꼽히는 방대한 미술관도 갖추고 있으며, 피보디 자연사박물관은 고생물학·고고학·인류학 분야의 중요한 유물들을 소장하고 있다.

예일대학교는 사회전반에 걸쳐 수많은 인재들을 배출했으며, 졸업생과 교수를 포함하여 총 52명이 노벨상을 수상했다. 정치계 인물로는 제27대 미국 대통령 윌리엄 하워드 태프트를 비롯하여 제럴드 포드, 조지 H. W. 부시, 빌 클린턴, 조지 W. 부시 등 총 5명의 전 미국 대통령을 배출했다. 그 외 세계은행 초대 총재 유진 마이어, <타임>지 설립자 헨리 루스, 보잉 회장 제임스 맥너니, 노벨 경제학상 수상자 폴 크루그먼, 노벨 문학상 수상 작가 싱클레어 루이스, 영화감독 올리버 스톤, 배우 메릴 스트립, 폴 뉴먼, 시고니 위버, 조디 포스터, 에드워드 노튼 등이 있다.