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슬로바키아의 산악지대는 북쪽으로 갈수록 높아지다가 스트르제도슬로벤스키 주의 비소케타트리 산맥에 속하는 게를라흐 봉(2,655m)에서 절정을 이룬다. 남서 및 남동 지역에 저지대가 형성되어 있다. 주요 강들인 모라바 강과 도나우(두나이) 강은 남쪽 경계의 일부를 이루며 흐르고 있다. 산악지대를 흐르는 주요강으로는 남쪽으로 흐르는 바흐·흐론·호르나트·보드로크 강과 북쪽으로 흐르는 포프라트 강이 있다.

온화한 대륙성 기후를 보이며 여름에는 저지대가 훨씬 덥고 겨울에는 산악지역으로 갈수록 추워진다. 연평균 강수량은 도나우 평원이 570mm이고, 바람이 불어오는 쪽에 위치한 산 계곡 지역들이 1,100mm 이상을 기록한다. 국토의 2/5 이상이 산림지대이며, 산악지역의 대부분이 삼림으로 덮혀 있다.