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베를린훔볼트대학교는 언어학자이자 교육개혁가였던 프로이센의 교육부장관 빌헬름 폰 훔볼트가 1810년에 세웠다. 원래 이름은 프로이센의 왕 프리드리히 빌헬름 3세의 이름을 딴 프리드리히빌헬름대학교였다. 훔볼트의 지도하에 이 대학은 독일에서 가장 큰 대학교로 발전했다. 1840년까지 1,750명 이상의 학생이 입학했고 교수와 연구분야에서 선도적인 역할을 했으며, 현대적인 교육과정을 실시함으로써 세계적인 명성을 얻게 되었다. 게오르크 빌헬름 프리드리히 헤겔이 1818~30년에 이 대학교에서 철학을 강의했고, 이곳에서 그의 저서인 〈법철학 Philosophy of Right〉(1821)을 출간했으며, 말년에는(1830~31) 총장을 역임했다. 카를 마르크스가 그의 제자였다.

1933년에는 나치당이 금서로 지정한 수백 권의 책이 불살라지는 불행을 겪기도 했다. 제2차 세계대전에서 나치 독일이 패망하면서 학교 문을 닫았다가 1946년 다시 문을 열었다. 1949년 동독의 통치를 받으면서부터 대학의 이름이 설립자의 이름을 따서 훔볼트대학교로 바뀌었다. 이후 교육과정도 마르크스-레닌주의의 성격을 강하게 띠게 되었다. 1990년 독일 통일 이후 대대적으로 조직을 개편했다. 2015년 영국 일간지 <타임스 The Times>가 실시하는 THE(Times Higer Education) 세계 대학 순위에서 49위로 선정되었다.

2016년 현재 문리, 농학·원예학, 법학, 수학·자연과학, 의학, 신학, 경제·경영학 등의 분야에 대학 및 대학원으로 구성되어 있다. 개설학과로 농학과, 고고학문화연구과, 아시아·아프리카학과, 생물학과, 생물물리학과, 경영학과, 컴퓨터공학과, 경제학과, 원예학과, 수학과, 심리학과, 스칸디나비아학과, 사회학과, 체육학과 등이 있다.

베를린훔볼트대학교는 29명의 노벨상 수상자를 배출했다. 이 대학 출신의 저명인사로는 사회주의 철학자 카를 마르크스, 마르크스주의 창시자 프리드리히 엥겔스, 사회학자 게오르크 짐멜, 물리학자 막스 플랑크 등이 있다.