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1245년 교황 인노첸시오 4세는 포위된 로마 시를 탈출하여 리옹으로 와서 전체 공의회를 소집했다. 비록 150명의 주교만 참석했으나 이 공의회는 교회가 신성 로마 제국 황제 프리드리히 2세를 파문하고, 위증·평화방해·신성모독·이단혐의 등 4가지 죄목으로 그를 폐위했음을 공포했다.

공의회에서 교황은 제7차 십자군을 준비하고 있던 프랑스 왕 루이 9세를 지원할 것을 촉구했다. 제2차 리옹 공의회는 비잔티움 황제 미하일 8세가 정교회는 로마 가톨릭 교회와 재일치할 준비가 되어 있다고 확약한 뒤인 1274년에 교황 그레고리오 10세가 소집했다.

미카일 황제는 교황의 우위권을 인정한 대가로 당시 벌이고 있던 정복전쟁에 필요한 재정지원을 원했다. 이에 따라 정교회 대표들과 200여명의 서방교회 고위성직자들은 연옥, 성사, 교황 수위권을 포함한 신앙고백을 받아들이고 정교회와 로마 가톨릭 교회의 재일치를 공식적으로 승인했다. 그러나 그리스 성직자들은 재일치를 곧 취소했다. 또한 이 공의회에서는 장차 신속한 교황 선출을 위해 엄격한 규약들을 작성·승인했고, 특정 수도회들에 대해서는 제한을 두었다.