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교황청은 그리스도교 초기부터 오랜 발전을 거쳐 16세기 교황 식스토 5세에 의해 현대적인 형태를 갖추게 되었다. 전통적으로 교황청의 업무는 추기경단(Sacred College of Cardinals)과 관련되어왔는데, 추기경들은 여러 기관의 행정담당자로서 개인적으로 일하거나 한 집단을 이루어 일한다.

20세기초 교황 비오 10세가 교황청 조직을 재정비하도록 명했는데 그 명령은 〈교회법전 Code of Canon Law〉(1917 공포) 속에 명문화되었다. 1960년대에 교황 바오로 6세는 재조직을 위한 진보된 조처를 취했는데, 이 개혁 조처의 목적 중에는 교황청 집무진의 국제화와 업무 절차의 현대화 등이 들어 있었다.

교황청 활동의 실무 책임자는 국무원장 추기경인데, 국무원(Secretariat of State：전에는 특무성성이라고 불렀음)을 관장한다. 교황청 안의 각 성(省)은 행정적인 일을 맡고 있다.

신앙교리성(Sacred Congregation for the Doctrine of the Faith)은 가톨릭 교회의 신앙과 윤리에 관한 교리를 수호하는 책임을 맡고 있는데, 악명 높은 로마의 종교재판소(Roman Inquisition)와 최근의 검사성성의 후신이지만, 오늘날에는 신학적 정통교리의 증진과 이와 관련되어 기소된 사람들의 권리를 보호하는 긍정적인 노력을 주업무로 하고 있다. 한때 이 성(省)이 관장했던 '가톨릭 교회의 금서목록'(Index of Forbidden Books)은 이제 아무 효력이 없다.

그밖의 성(省)으로는 동방교회성, 주교성, 경신성사성, 시성성, 성직자성(원래는 공의회성이었음), 수도회성, 교육성(원래는 대학성이였음), 인류복음화성 등이 있다. 교황청의 사법 분과는 대심원(Apostolic Signatura：최고 재판소), 교황청 공소원(Sacred Roman Rota：바티칸에 제소된 교회법 판결을 맡는데, 특히 결혼무효 소송이 많음), 그리고 교황청 내사원(Sacred Apostolic Penitentiary：양심에 관한 여러 문제들을 취급)의 3개 재판소로 나뉘어 있다.

이외에도 여러 개의 평의회와 3개 사무처가 있는데 사무처에는 그리스도인일치촉진평의회, 종교간대화평의회, 이주사목평의회가 있다. 그리고 평신도평의회·정의평화평의회가 있다. 그밖에 학문연구에 관한 교황의 관심을 반영하는 몇 개의 상설위원회가 있다. 여기에는 교황청 성서연구원과 교회법전개정을 위한 교회법 개정 위원회가 포함된다.