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다윈의 업적은 영국의 자본주의의 성장, 식민정책과 관계가 깊다. 그 이유는 그가 영국 식민정책의 상징이라 할 수 있는 해군의 군함 비글호에 편승했고, 산업혁명의 시작이었던 농업혁명의 상징이라 할 수 있는 품종개량의 수단인 인위선택에서 자연선택의 암시를 받았기 때문이다.

다윈은 연구과정에서 영국의 경험주의적 방법 즉 베이컨주의를 충실하게 따랐는데, 그는 비글호 항해중에 이것을 터득했던 것이다.

그는 자기의 관찰로부터 성서의 창조 설명은 명백한 거짓이라는 신념을 얻게 되었고, 비판적인 판단을 적용하는 것을 배웠다.

다윈 시대에는 일반적으로 과학은 귀납적인 방법만으로 발달한다고 생각했다. 그는 "나는 베이컨적 원리에 따라 연구했고 아무런 가설없이 대규모로 사실들을 모았다"고 기술했다.

그러나 라이엘에게 보낸 편지에는 "이론의 형성없이는 관찰이 있을 수 없다고 나는 확신한다"고 썼는데, 이처럼 그는 순수한 귀납적 관찰이라는 것은 없다고 인식했다. 다윈은 자기의 주의를 끄는 것에 대해 가설을 세운 다음 논박 또는 논증이 될 수 있는 결론을 연역하는 식의 가설연역법을 사용하여 그의 이론을 폈다.