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최세진은 당시 한자 학습에 사용된 천자문과 유합 등의 책이 실제 사물과 직결된 실자들을 충분하게 다루지 않고 있다고 비판하여 '조수초목지명'과 같은 실자를 위주로 이책을 편찬했다.

상·중·하 각 권에 1,120자씩 총 3,360자를 수록하고 있다. 한자의 배열은 상권을 천문·지리 등 16개 부문, 중권을 인류·궁택 등 16개 부문으로 나누어 전실자를 수록했고, 하권에는 잡어라고 하여 반실반허자를 수록했다. 천자문과 유합에 비해 한자의 수가 많았기 때문에 전통 사회에서의 한자교육에 중요한 역할을 했다.

이 책의 상권 첫머리에 훈몽자회인과 범례가 실려 있는데, 범례의 끝에 '언문자모'라 하여 그 당시의 한글 체계와 용법에 대하여 간단하게 설명하고 있다. 그 내용은 크게 3가지로 간추릴 수 있다.

첫째, '언문자모'에는 〈훈민정음〉의 28자 중에서 ''이 빠진 체계를 보여준다. 둘째, 이 27개의 글자를 '초성종성통용팔자'·'초성독용팔자'·'중성독용십일자'로 나누었다. 셋째, 각 글자 밑에 '기역 其役, 니은 尼隱, 디귿 池, 리을 梨乙, 미음 眉音, 비읍 非邑, 시옷 時, 이응 異凝', '키 , 티 治, 피 皮, 지 之, 치 齒, 而, 이 伊, 히 屎, 아 阿, 야 也, 어 於, 여 余, 오 吾, 요 要, 우 牛, 유 由, 으 應 不用終聲, 이 伊 只用中聲, 思 不用初聲'과 같은 표기를 했다. 이것은 우리 글자의 이름을 처음으로 짓고 자모의 순서를 정한 것이다.

'팔종성법'이라는 언급은 맞춤법 상으로 볼 때 이론적으로 문제를 일으킬 수 있어서 한말의 문자 정리기에 혼란을 가져오게 했다. 그러나 이러한 편법은 그 당시의 관습을 정리한 것이고, 그로 인해 당장의 편리한 기능을 발휘했음을 알 수 있다. 또한 3,360개의 한자에 각자마다 새김·소리·주석을 붙여놓았다. 새김은 우리말의 역사를 연구하는 데 매우 중요한 자료가 된다. 한자음 표기도 한국의 한자음 연구의 좋은 자료가 되며 주석의 내용은 한자의 자체에 관한 것, 용례에 관한 것 등이다.

이 책은 조선광문회 판본(1913)까지 약 10여 차례나 중간되었다. 1527년 간행된 일본 교토[京都] 히에이 산[北叡山]의 에이산[叡山]문고본은 현재 유일한 활자본이며 초간본으로 추정된다. 일본 도쿄대학[東京大學] 소장본은 현존 목판본중에서 가장 오래된 것이고, 일본 도쿄 손케이카쿠[尊經閣] 문고본은 임진왜란 이후에 간행된 것으로 보인다. 서울대학교 규장각 문고본은 고전 복간사업으로 간행된 것이다. 이 가운데 초간본과 도쿄대학본은 1971년 단국대학교 동양학연구소에서, 손케이카쿠본은 1966~67년 〈한글〉지에 영인된 바 있다. 위의 이본들은 하권 끝장의 뒷면 첫행의 제3·4자가 '瀰漫'과 '洛汭'로 쓰인 2가지 판본으로 나뉘는데 '瀰漫본'이 더 오래된 것이다.

〈훈몽자회〉는 한글 자모의 내용과 이름에 대한 문자사의 연구와, 판본에 대한 서지학적인 연구, 그리고 국어사 연구에 많은 도움을 주고 있다.