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혈관의 상처와 혈류량의 변화가 혈전의 형성에 관여하는 인자이다. 혈액응고성의 변화도 혈전 형성의 원인이다. 염증이나 죽상동맥경화증에서 지방반의 형성으로 인해 생기는 혈관 또는 심장 내벽의 상처는 혈전 형성을 유발한다. 정상적인 혈액 구성요소들인 적혈구·백혈구·혈소판은 혈관 내에서 혈류의 중심을 따라 이동한다.

이러한 정상적인 흐름이 혼란스러워지거나 변화하면 혈소판과 혈구는 혈관내벽을 스치고 지나가게 된다. 이러한 상황은 혈관이 비정상적으로 확장된 동맥류의 위치에서도 발생할 수 있다. 침대에 계속 누워 있을 경우 정맥 혈류가 점점 느려져서 결과적으로 혈전이 생길 수 있다. 혈액에 혈소판이 지나치게 많으면 지방이 비정상적으로 많을 때처럼 혈액응고를 증가시킬 수 있다.

혈전증으로 혈전이 생긴 혈관 부위가 막히거나 혈전이 생겼던 부위에서 떨어져나와 혈관의 다른 부위를 막을 수도 있다. 이러한 혈전을 색전이라고 한다.→ 색전증