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유럽인이 도착하기 오래 전에 과라니어를 쓰는 인디언 부족이 파라과이 강과 파라나 강 사이의 지역에 살고 있었다.

이들은 천연자원이 풍부한 땅에서 농업·수렵·어업 등을 하며 살던 반유목민족이었다(→ 색인：과라니족). 1524년 브라질 해안에서 출항한 알레호 가르시아와 1526년 파라나를 항해한 세바스티안 캐벗이 유럽인으로서는 처음으로 이 지역을 탐험했다. 1537년 도밍고 마르티네스 데 이랄라가 아순시온에 최초의 식민지를 세웠다.

이때부터 1776년 리오데라플라타 부왕령이 세워질 때까지 아순시온은 남아메리카 남동부에서 스페인 세력의 중심지 역할을 했다. 1776년 이전까지만 해도 아순시온은 30개 이상의 레두시온(인디언 선교단)으로 이루어진 대규모 예수회 주거지였다. 그러나 1721∼35년 많은 지주들이 인디언과의 무역을 독점하는 예수회에 맞서 투쟁을 벌였고 이로 인해 예수회는 1767년 결국 쫓겨나게 되었다.

지방 대도시였던 부에노스아이레스는 1776년 리오데라플라타 부왕령의 수도가 되었다.

1810년 스페인의 통치 아래 있게 된 부에노스아이레스는 자치 부왕령을 재건하고자 했다. 파라과이인들은 부에노스아이레스의 통치를 거부하고 포르투갈인에게 도움을 청해 부에노스아이레스 군사혁명위원회의 공격을 물리쳤다. 그후 파라과이인들은 스페인 총독을 퇴위시키고 1811년 독립을 선언했다. 무정부 상태를 잠시 겪은 후 인디언들이 '엘수프레모'라고 불렀던 호세 가스파르 로드리게스 프란시아가 1840년까지 독재정치를 했다.

프란시아는 파라과이의 동질성을 보존하고 국가의 자존 정신을 강화하기 위해 고립주의 정책을 폈다. 프란시아의 후임으로 카를로스 안토니오 로페스가 1840∼62년에 통치했으며, 그의 아들 프란시스코 솔라노 로페스가 1862∼70년에 통치했다.

이 2명의 독재자는 프란시아의 고립주의 정책을 버리고 교육을 확대했으며, 개방주의 정책으로 무역과 산업발전을 꾀했다.

파라과이인들은 브라질과 아르헨티나의 야망을 두려워했다. 우루과이에 대한 브라질의 지배가 강화되자 1865년 전쟁이 일어났다. 파라과이는 브라질을 공격했고 그러던 중에 아르헨티나 영토를 침범했다. 아르헨티나·브라질·우루과이 3국동맹이 파라과이를 공격했고 파라과이군과 시민은 끈질긴 방어전을 폈으나 1870년 굴복하고 말았다.

파라과이는 황폐화되었으며 외국 군대에게 6년 동안이나 점령되는 수모를 겪었다. 이때부터 19세기가 끝날 때까지 정치충돌·쿠데타·내란 등이 끊임없이 계속되었다. 제1차 세계대전 동안 파라과이는 중립적 입장을 취했으며 경제발전도 다소 이룩했다. 그러나 20세기초 볼리비아와 경계를 이루는 서부 국경지방에서 긴장이 급격히 증가했다. 두 나라는 국경을 따라 요새를 건설했으며, 여러 해에 걸쳐 산발적으로 접전을 벌인 결과 마침내 차코 전쟁(1932∼35)이 일어났다.

1938년의 평화조약으로 파라과이는 분쟁의 원인이 되었던 영토 대부분을 얻었으며 볼리비아는 파라나 강으로 진출하는 출구를 얻었다.

1936년 페브리스타스의 지도자 라파엘 프랑코 대령이 집권했으나 라파엘 정부는 곧 무너졌고, 차코 전쟁의 영웅인 호세 펠릭스 에스티가리비아 장군이 1939년 대통령으로 선출되었다. 1940년 에스티가리비아가 갑자기 죽었고 여러 차례 독재정권의 부침이 있은 후 1954년 알프레도 스트로에스네르가 집권하여 1980년대말까지 권력을 유지했다.

그는 1989년 군사 쿠데타로 축출되었으나 8회에 걸친 그의 대통령 연임은 20세기 라틴아메리카에서 한 개인이 가장 오래 연임한 기록으로 남아 있다. 그가 통치하는 동안 파라과이는 상당한 경제발전을 이룩했다. 인플레이션율이 낮게 유지되었으며 보건·교육·도로망 등이 개선되었다. 그러나 스트로에스네르의 정권은 야당을 조직적으로 억압했다. 1989년 2월 3일 안드레스 로드리게스가 쿠데타로 정권을 장악했고, 로드리게스는 5월에 실시된 선거에서 콜로라도당 후보로 출마하여 당선되었다.