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그는 비(非)도리스(도리아)계인 오르타고라스 가문 출신으로 이 가문은 한때 시키온에 거주하는 이오니아인들의 지지를 얻어 시키온에 참주정을 세운 적이 있었다.

클레이스테네스는 힐레이스·디마네스·팜필리에서 이주해온 도리스계 부족들에게 각기 히아타이(멧돼지치기), 코이레아타이(돼지치기), 오네아타이(멍청이)라는 우스꽝스런 별명을 붙여줌으로써 도리스인들의 지배를 분쇄하라고 강조했다. 그는 또한 도리스계 도시인 아르고스를 공격했고 도리스족 영웅들을 찬양한 호메로스의 시들을 금지시켰다.

그는 델포이 신탁의 신성함을 옹호하기 위해 신성 전쟁(BC 596~595경) 때 크리사 시에 대항했으며 결국 크리사는 파괴되었다. 델포이는 암픽티오니아 동맹, 즉 인보동맹의 회합 장소가 되었다. 피티아 제전이 다시 성대하게 열렸을 때(BC 582) 클레이스테네스는 첫번째 전차경주에서 이겼다. 그는 피티아 제전을 시키온에서 열리도록 했으며 델포이 신전에 시키온의 국고를 새로 지었다.

클레이스테네스의 세력은 막강했으며 그가 딸인 아가리스테를 결혼시키려 하자 그리스의 저명인사들이 앞다투어 구혼해왔으며 결국 그는 알크마이온 가문의 메가클레스를 사위로 삼았다. 여러 구혼자들의 이야기는 헤로도토스의 작품에 나와 있다.