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진화설은 첫째, 공동자손인 생물체들은 서로 유연관계에 있다는 것, 둘째, 각 계통의 분지시기와 각 계보 내에서 일어난 변화들의 내용, 셋째, 진화적 변화를 일으키는 메커니즘 또는 과정 등 3가지 문제에 대해 주로 이야기하고 있다.

첫번째 문제는 가장 기본적이며, 이미 확립된 것이다. 오늘날 생물체의 진화적 기원은 지구가 둥글다는 사실, 행성이 움직인다는 것, 물질의 분자구조 등과 마찬가지로 확실히 확립된 과학적 결론이며 모든 생물학자들에 의해 인정되고 있다. 2번째와 3번째 문제는 어떻게, 그리고 왜 진화가 일어나는가를 설명하고, 특정한 생물체들 사이의 진화적 유연관계와 진화사에 대해 밝히는 것이다.

이렇게 하여 얻어진 결론 중 어떤 결론들은 잘 확립된 상태이고, 어떤 것들은 불확실하며, 어떤 것들은 아직도 알려지지 않은 채 남아 있다. 다윈 이후로 진화설은 다른 생물분야로 계속 그 영향력을 확장해왔고 이제 모든 생물학적 지식은 진화의 현상을 내포하고 있다. 도브잔스키는 "생물학에 있어 어느 것도 진화를 생각하지 않고는 의미가 통하지 않는다"고 했다.

다윈의 자연선택론은 사회학·정치학·경제학과 같은 인문분야에도 확대 적용되었다.

그러나 다윈이 의도한 자연선택론은 생물학적 유전, 다시 말해 살아 있는 유기체에 한정했기 때문에 인문분야에서는 은유적으로만 사용되었다. 경제적 이익이나 정치권력을 획득하는 과정에서 '적자생존'이나 무자비한 경쟁을 당연시하는 이들에게 자연선택론은 자연스러운 과정으로 여겨졌다. 사회진화론은 19세기말과 20세기초에 걸쳐 몇몇 분야에서 사회철학에 큰 영향을 끼쳤다. 다양한 정치 이론 중에서 마지막으로 마르크스주의가 자연선택론을 응용하여 인간의 정치사를 설명했다.

이렇게 진화론과 자연선택론이 폭넓게 사용되자 생물학적 진화와 자연선택론에 대한 반발 또한 커졌다. 특히 기독교인들에게 진화론은 종교 교리와 배치되는 것으로 보였다(종교적 믿음). 〈구약성서〉의 제1서 〈창세기〉에는 신이 세상, 식물, 동물 그리고 인간을 창조하는 과정이 묘사되어 있다.

〈구약성서〉를 문자 그대로 해석할 경우 인간과 다른 유기체가 자연의 과정을 통해 점차 진화하는 것은 교리에 어긋난다. 성서 해석 외에도 기독교인들이 믿고 있는 인간 영혼의 불명성과 신의 형상으로 창조된 인간상은 많은 부분에서 동물에서 진화한 인간상과는 부합되지 않는다. 종교계의 반발은 다윈이 살아 있을 때부터 시작되었다.

1874년 미국의 기독교 신학자인 찰스 호지는 진화론을 체계적으로 공격한 저서 중 하나인 〈진화론은 무엇인가? What is Darwinism?〉를 출판했다. 호지는 다윈의 이론을 "지금까지의 이론 중 가장 자연주의적이고 그의 선임자인 라마르크의 이론보다 훨씬 더 무신론적"이라고 생각했다. 그러나 시간이 흐르자 진화론은 기독교 내부의 다수에 의해 받아들여졌다.

교황 피우스 12세는 비록 인간 영혼의 창조에는 신이 개입해야 한다고 해 논란의 여지를 남겼으나, 1950년에 발표된 회칙에서 생물학적 진화론이 기독교 신앙에 부합된다고 했다. 이런 경향은 〈창세기〉를 있는 그대로 받아들이는 기독교 근본주의자들에게는 위험한 것이었다. 초기에 그들은 기독교 내에서 소수였으나 점차 미국에서 대중적·정치적으로 큰 영향력을 행사하게 되었다. 1920년대 그들은 미국의 20개주 이상에서 진화론에 반대하는 법을 심의하도록 했고 아칸소·미시시피·오클라호마·테네시 등 4개주의 공립학교에서 진화론을 가르치는 것을 금하도록 만들었다.

그러나 1968년 미국 연방대법원은 공립학교에서 진화론 강의를 금하는 것은 헌법에 위배된다고 판결했다. 그 이후 기독교 근본주의자들이 여러 주에 진화론과 창조론을 균형 있게 가르칠 것을 입법 청원했고 1980년대 들어 아칸소·루이지애나 주에서 양자를 균형있게 가르칠 것을 내용으로 하는 법안을 통과시켰으나, 이에 반대하는 사람들은 이 법안이 정치와 종교를 분리한다는 헌법에 위배된다는 점을 들어 법안을 철회시켰다.