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특히 미국의 경우, 공립학교 제도와는 별도로 로마 가톨릭 교회의 본당, 개신교 교회 또는 유대교 단체가 교파의 원칙에 따라 실시하는 초등학교와 중등학교를 가리킨다.

미국 로마 가톨릭의 본당학교는 교구를 기초단위로 조직되어 있으며, 주로 교구 교도들의 자발적 기부금과 수업료로 재정을 마련한다. 교구학교의 운영은 주교가 직접 책임을 진다. 주교는 대개 이 일을 자신이 임명한 사제에게 위임하는데, 사제는 학교 교장 또는 교육담당 간사로 임명된다.

대부분의 교구에는 주교가 임명한 사람들로 구성된 본당학교 위원회가 있다. 흔히 이 위원회는 집행권을 갖지 않으나 주교와 학교 교장에게 조언을 할 수 있다.

로마 가톨릭 학교는 공립학교와 똑같은 과목을 가르치지만 2가지 점에서 중요한 차이가 있다. 가톨릭 학교에서는 로마 가톨릭 교회의 신앙과 도덕 문제를 가르치는 그리스도교 교리 과정이 포함되어 있다. 다른 과목들, 특히 사회나 인문 분야의 과목들도 보통 가톨릭 교회의 가치관을 반영하고 있다.

교구학교는 교육적인 이점을 나누고 학교 교사들과 학교시설의 질적 향상을 위한 아이디어와 프로그램을 교환하기 위해 주 또는 지역 단체로 조직되어 있는 것이 보통이다. 모든 교구학교는 전국 가톨릭 교육협회(National Catholic Educational Association)에 가입해 있다. 미국에서 종교학교 제도를 유지하고 있는 개신교 교파들 가운데 가장 활동적인 교단은 약 19만 명의 아동을 수용하고 있는 루터교이다.

제7일 안식일재림교회, 미국 그리스도교학교연맹, 미국성공회, 미국(복음주의) 그리스도교학교 협회, 퀘이커교, 메노파 교회, 침례교, 감리교, 장로교 등도 소규모 종교학교를 후원하고 있다.

대부분의 개신교 학교의 운영은 후원집단이 선출한 교육위원회에서 담당하는데, 이 후원집단은 단일 교회일 경우도 있고, 여러 교회나 개인들이 모여 이룬 협회일 경우도 있다. 이 위원회는 교장을 선출하고, 교장과 협력하여 학교 프로그램을 추진하는 데 필요한 정책을 개발한다.

개신교 교회가 운영하는 학교의 교사는 교단 소속 교육대학과 교양학부를 졸업한 사람들이다. 교사들은 초·중등학교 수준에서 필요한 일반적인 지식 외에도 성서와 교리에 관한 특별 훈련을 받는다. 개신교 학교의 학년별 교과과정은 공립학교의 교과과정과 그 내용이 대체로 같지만, 그리스도교 정신이 교육 프로그램 전체에 일관되어 있다.

미국 내 유대인들의 평일학교 혹은 주간학교(종교학교를 말함)에서는 유대교 과목과 일반 과목을 결합한 프로그램으로 학교를 운영한다.

일반과목에 대한 전반적인 연구 과정을 비롯해 집중적인 유대교 종교교육을 실시하는 유형에는 4가지가 있다. 탈무드 주간학교는 모세5경·예언서·성문서의 주요부분을 히브리어 본문(마소라 주석이 딸린)으로 연구할 수 있도록 예비교육을 시키고 〈탈무드〉를 가르치는 데 강조점을 둔다. 다른 과목은 시(市)와 주 당국의 요구에 따른다. 현대 주간학교는 히브리어, 성서, 유대 역사, 기도문, 〈탈무드〉선집을 가르치는 데 역점을 둔다.

다른 과목도 똑같은 비중을 두고 똑같은 시간을 할애하여 가르치지만, 모든 교육은 히브리어로 이루어진다. 히브리어와 영어를 혼용하는 사립학교는 일반 과목을 강조하고 1주일에 5시간만 유대교 과목에 배정하지만, 통합주간학교는 유대교의 가르침과 세속학문의 조화를 꾀한다(탈무드토라).

주간학교의 대부분(85％)은 정통 유대교 단체의 후원을 받고 있지만, 현대적인 주간학교의 범주에 속하는 일부 학교는 보수파 유대교를 비롯한 기타 유대교 단체에 의해 운영된다.

이디시어를 사용하는 집단이 운영하는 주간학교의 기본 교과목 가운데는 이디시어와 이디시어 문학이 포함되어 있다. 유대인 교육을 후원하기 위한 2개의 주요단체는 '히브리 주간학교 협회'(Torah Umesorah)와 '토라 교육협의회'(National Council for Torah Education)이다.