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동쪽으로 그리스, 남서쪽으로 시칠리아, 서쪽과 북서쪽으로 이탈리아와 면해 있다. 이곳을 아드리아 해의 일부로 간주했던 고대 기록이 많지만 지금은 분명히 개별적인 수역으로 인정된다.

그리스 남쪽의 이오니아 해에서 지중해는 최대깊이인 4,900m에 이른다. 메시나 해협과 오트란토 해협을 통해 각각 티레니아 해와 아드리아 해로 연결되며, 스퀼라체 만과 타란토 만(이탈리아), 아르타·파트라스·코린트 만(그리스)을 포함한다.

이 바다의 주요항구로는 시라쿠사와 카타니아(시칠리아), 타란토(이탈리아), 코르푸(이오니아 제도), 파트라이(그리스) 등이 있다. 이오니아 제도는 그리스 서부 해안 근해에 있다.